Visi dan Misi Kementerian Agama Kabupaten Manggarai merujuk pada Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 18 Tahun 2020 tentang Rencana Strategis Kementerian Agama Tahun 2020–2024. Visi dan misi ini menjadi pedoman dalam pelaksanaan program, kegiatan, dan layanan Kementerian Agama di Kabupaten Manggarai.
“Terwujudnya Kementerian Agama yang profesional dan andal dalam membangun masyarakat Manggarai yang saleh, moderat, cerdas, dan unggul untuk mendukung Indonesia Maju yang berdaulat, mandiri, dan berkepribadian berdasarkan gotong royong.”
Visi ini menggambarkan cita-cita Kementerian Agama Kabupaten Manggarai dalam memberikan pelayanan keagamaan dan pendidikan keagamaan yang berkualitas. Profesional berarti bekerja dengan kompetensi, transparansi, dan akuntabilitas. Andal berarti mampu memberikan pelayanan yang tepat, cepat, dan memuaskan. Masyarakat yang saleh, moderat, cerdas, dan unggul adalah tujuan utama pembangunan bidang keagamaan, pendidikan, serta kehidupan sosial keagamaan di Kabupaten Manggarai.
Meningkatkan kualitas kesalehan umat beragama di Kabupaten Manggarai.
Memperkuat moderasi beragama serta menjaga kerukunan antarumat beragama.
Memberikan layanan keagamaan yang adil, mudah, dan merata bagi seluruh masyarakat.
Meningkatkan mutu dan pemerataan layanan pendidikan keagamaan dan pendidikan umum berciri khas agama.
Mendorong produktivitas dan daya saing pendidikan di lingkungan Kementerian Agama.
Mewujudkan tata kelola pemerintahan yang bersih, transparan, dan akuntabel di lingkungan Kementerian Agama Kabupaten Manggarai.