Kementerian Agama merupakan salah satu kementerian yang memiliki peran strategis dalam kehidupan berbangsa dan bernegara, khususnya dalam bidang pelayanan keagamaan dan pembinaan kehidupan beragama.
Secara historis, lembaga ini pada awalnya dikenal dengan nama Departemen Agama Republik Indonesia yang dibentuk pada tahun 1946, sebagai jawaban atas kebutuhan bangsa untuk mengelola urusan agama secara mandiri di bawah pemerintah Indonesia. Seiring perkembangan tata kelola pemerintahan, melalui Undang-Undang Nomor 39 Tahun 2008 tentang Kementerian Negara, nomenklatur departemen resmi berubah menjadi kementerian. Sejak saat itu, Departemen Agama beralih nama menjadi Kementerian Agama.
Perubahan ini juga berlaku di daerah, sehingga Departemen Agama Kabupaten Manggarai yang sebelumnya menjadi unit kerja di tingkat kabupaten, kini dikenal sebagai Kementerian Agama Kabupaten Manggarai. Transformasi tersebut menegaskan peran Kementerian Agama sebagai garda terdepan dalam mewujudkan pelayanan publik yang berkualitas di bidang keagamaan, pendidikan keagamaan, serta urusan kemasyarakatan yang bernuansa religius.
Terbentuknya Kantor Kementerian Agama Kabupaten Manggarai tidak terlepas dari sejarah terbentuknya Kabupaten Manggarai dan kedudukannya sebagai instansi vertikal yang memiliki hierarki kerja dengan Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Nusa Tenggara Timur dan Kementerian Agama Republik Indonesia. Pada awalnya, pelayanan Kantor Kementerian Agama berfokus pada wilayah Kabupaten Manggarai. Namun, karena pesatnya perkembangan lembaga keagamaan dan luasnya wilayah Kabupaten Manggarai, maka pada tahun 2006 terbentuk Kabupaten Manggarai Barat dan pada tahun 2007 terbentuk Kabupaten Manggarai Timur. Dengan pemekaran dua kabupaten baru tersebut, Kantor Kementerian Agama Kabupaten Manggarai juga mengalami pemekaran, sehingga pelayanan terhadap masyarakat dapat lebih mudah, cepat, dan merata.
Adapun daftar Kepala Kantor Kementerian Agama Kabupaten Manggarai dari masa ke masa adalah sebagai berikut:
(1967-1969) Algadri
(1969-1979) Fransiskus Xv. Ibak
(1980-1982) Martinus Dje, B.A.
(1982-1993) Drs. Stefanus Agus
(1994-2000) Drs. Jaman Onesimus
(2000-2005) Krispinus Mau Saek, S.Ag.
(2005-2009) Drs. Sarman Marselinus
(2009-2016) Drs. Yohanes Wage
(2016-2020) Reginaldus S.S Serang, S.Fil., M.Th.
(2020-2022) Fransiskus Xaverius Adi, S.Pd.
(2022-2023) Nikolaus Nama Payon, S.Ag
(2023-Sekarang) Pontius Mudin, S.Fil.