Lembaga Pengembangan dan Penjaminan Mutu (LP2M) Universitas Cenderawasih (Uncen) dibentuk dan ditetapkan berdasarkan Peraturan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia No.11 Tahun 2010 tentang Organisasi Tata Kerja Uncen.
Ketua LP2M Uncen ditetapkan berdasarkan SK Rektor Uncen No. 0820/H20/KP/2010 tanggal 10 Juni 2010, tentang pengangkatan Prof. Dr. H.R. Partino, M.Pd. sebagai Ketua LP2M Uncen. Adapun Prof. Dr. Happy Lumbantobing, M.Si, Ketua LP2M sekarang, dilantik pada tanggal 25 Januari 2018.