Awalnya sebagai Unit Pendidikan Khas berada di bawah Jabatan Ilmu Pendidikan (JIP) yang memberi fokus kepada latihan guru Dalam Perkhidmatan (KDP) dan Kursus Sijil Perguruan Khas (KSPK). Pada Tahun 2006 , Unit Pendidikan Khas telah mendapat mandat sebagai jabatan penuh oleh Institut Pendidikan Guru Malaysia (IPGM). Bertitik tolak daripada itu, mulai Jun 2006 Program Persediaan Ijazah Sarjana Muda Perguruan (PPISMP) selama 3 semester dimulakan. Kemudian, pada Jun 2013 program 2 semester diperkenalkan dan dilaksanakan di IPG KPM. 

Kursus Program Ijazah Sarjana Muda Perguruan (PISMP) selama empat tahun mula dilaksanakan pada Januari 2008. Kursus latihan perguruan dalam bidang Pendidikan Khas Masalah Pembembelajaran juga ditawarkan untuk Kursus Perguruan Lepasan Ijazah (KPLI) dan Kursus Dalam Cuti (KDC). Dalam pada itu juga, hubungan baik antara Jabatan Pendidikan Negeri (JPN), The Southeast Asia Minister of Education Organization Regional Centre for Special Educational Needs (SEAMEO SEN) dan agensi lain yang berkaitan dengan program Pendidikan Khas membantu meningkatkan kualiti kursus PISMP di sini. Kelebihan dan pencapaian yang cemerlang ini menyebabkan IPGM melantik IPG KPM sebagai Tier 1 bagi pengkhususan bidang Pendidikan Khas Masalah Pembelajaran di bawah Jabatan Pendidikan Khas mulai tahun 2018.