Hệ thống phần mềm ECUS VNACCS được thiết kế theo chuẩn mực của Hệ thống Hải quan điện tử hiện đại, đáp ứng đầy đủ các quy trình nghiệp vụ của hệ thống VNACCS/VCIS do Hải quan Nhật Bản tài trợ, đồng thời vẫn giữ được lối thiết kế truyền thống của phần mềm ECUS mà doanh nghiệp đã quen sử dụng. Mở rộng các thủ tục đăng ký, như thủ tục đăng ký danh mục miễn thuế, thủ tục áp dụng chung cả hàng mậu dịch và phi mậu dịch, thủ tục đơn giản đối với hàng hóa trị giá thấp, quản lý hàng hóa tạm nhập, tái xuất. Các tiện ích đăng ký Giấy phép, chứng từ một cửa quốc gia, khai vận tải cho các hãng tàu, đại lý hãng tàu.
Các mã nghiệp vụ được tích hợp sẵn vào chương trình, người dùng chỉ việc chọn các nghiệp vụ theo quy trình một cách dễ dàng. Hệ thống bao gồm đầy đủ các phân hệ nghiệp vụ thể hiện tại các menu cụ thể như sau:
Menu "Tờ khai hải quan" có các nghiệp vụ thông quan hàng hóa tự động e-Declaration bao gồm tờ khai nhập khẩu, tờ khai xuất khẩu, tờ khai vận chuyển OLA.
Menu "Hóa đơn" là nghiệp vụ khai báo hóa đơn điện tử IVA.
Menu "Nghiệp vụ khác" là nơi có thể khai báo các nghiệp vụ: Đăng ký tới hệ thống một cửa (VNACCS), Khai báo thông tin e-manifest (VNACCS), Đăng ký đính kèm (HYS), Đăng ký danh mục miễn thuế (TEA), Đăng ký danh mục tạm nhập tái xuất (TIA) và tra cứu thông tin chứng từ bảo lãnh (IAS).
Menu "Sổ quyết toán" và "Kế toán kho" là nghiệp vụ quản lý kho phục vụ dữ liệu cho báo cáo quyết toán nguyên liệu vật tư với Hải quan theo mẫu 15/BCQT.
Menu "Dịch vụ công" là nghiệp vụ khai báo hơn 168 hồ sơ dịch vụ công.
Menu "Tiện ích" là nơi có các chức năng tiện ích đi kèm chương trình như: Dịch vụ lưu trữ dữ liệu ECUSDRIVER, trong trường hợp khách hàng có nhu cầu lưu trữ dữ liệu trực tuyến, Đăng ký tờ khai nhập xuất theo chuẩn thông điệp của hệ thống TNTT V5, Các chức năng gửi nhận dữ liệu.
Menu "Loại hình" các chức năng khai báo cho loại hình đặc thù về Gia công, sản xuất xuất khẩu, chế xuất.
Các tính năng nghiệp vụ trên được thiết kế sẵn để đáp ứng các nghiệp vụ của hệ thống VNACCS/VCIS đồng thời phục vụ các nhu cầu quản lý nội bộ theo yêu cầu riêng của doanh nghiệp. Các chức năng chính để trao đổi giữa doanh nghiệp và hệ thống Hải quan chủ yếu ở các chức năng nghiệp vụ sau:
"Tờ khai hải quan": Bao gồm tờ khai nhập khẩu, tờ khai xuất khẩu và các chức ăng khai báo khác phục vụ hồ sơ tờ khai.
"Sổ quyết toán" và "Kế toán kho": Sử dụng đối với doanh nghiệp loại hình Gia công, Sản xuất xuất khẩu, Chế xuất nhằm báo cáo quyết toán với Hải quan.
"Loại hình":Sử dụng để khai nghiệp vụ của các loại hình đặc thù như: Gia công, sản xuất xuất khẩu, chế xuất.