Antes de la conquista española, el actual territorio de Honduras estaba habitado por pueblos indígenas que se caracterizaban por dos tipos culturales diferentes, formados como producto de las migraciones que poblaron el continente americano en la época precolombina.2324Las culturas maya y azteca estaban regidas por el llamado «modo de producción asiático», cuya característica más sobresaliente era la existencia de una economía sedentaria, basada en la producción agrícola, con relaciones de producción de carácter colectivo centralizadas en un poder único que era ejercido por un conjunto de funcionarios civiles, religiosos y militares. Por lo tanto, no eran sociedades igualitarias. La división de clases se establecía entre los que ejercían el poder y la mayoría del pueblo.2425
Estas culturas alcanzaron grandes progresos en los diversos campos del conocimiento humano, impulsadas por el desarrollo de una variada agricultura (frijol, cacao, chile, etc.) y contaban con grandes sistemas de riego. De esta manera garantizaban una alimentación adecuada para sus numerosas poblaciones. Además aplicaron técnicas de gran perfección en los tejidos y la cerámica. Desarrollaron un intenso y variado comercio. Alcanzaron un alto desarrollo científico en las matemáticas y la astronomía, además de la arquitectura y la escultura, que emplearon en la construcción de grandes ciudades
En la parte noroccidental de Honduras, predominaban los pueblos de los chortís, grupo mayance localizado en Copán y Ocotepeque, y los lencas que se extendían por los departamentos de Santa Bárbara, Lempira, Intibucá, La Paz, Comayagua, Francisco Morazán y Valle y parte de lo que hoy comprende el territorio de El Salvador
El resto del territorio hondureño estaba habitado por pueblos provenientes del sur del continente, con una cultura nómada y seminómada, regidos por relaciones de producción comunal primitivas. Entre estos pueblos se encontraban tolupanes (denominados también xicaques), pechs (denominados asimismo "payas"), tawahkas y misquitos que, en su conjunto, formaban la mayoría de la población del país.Después de la segunda mitad de 1700 se conformaron otros grupos étnicos a lo largo de la zona costera del litoral Caribe: los garífunas y los negros de habla criolla inglesa
La población más numerosa la constituían los lencas, quienes, en el momento de la llegada de los españoles, eran el más extendido y organizado de los grupos del país. Habitaban en poblaciones de considerable tamaño, con un promedio de 350 casas y mucho más de 500 pobladores.Aunque existen polémicas científicas sobre la ascendencia y origen de los lencas, según Rodolfo Barón Castro son los restos directos herederos de los mayas que no siguieron el éxodo que dio fin al Antiguo Imperio. Otros estudios indican que son descendientes de grupos olmecas que llegaron migrando en el periodo Preclásico desde el sur de México. A la llegada de los españoles, se encontraban establecidos en el territorio que hoy comprenden las Repúblicas de El Salvador y Honduras.
El área maya comprende lo que en nuestros días son los países de Honduras, Guatemala, El Salvador y sur de México.Los mayas florecieron en estos países en los primeros quince siglos de la era cristiana.Causas desconocidas hasta hoy provocaron el abandono y la destrucción de Copán y otras ciudades mayas, que en la época de la conquista española ya no eran más que ruinas. Hambre, pestes, guerras internas se han propuesto como las causas del abandono.
En marzo de 1524, Gil González Dávila se convirtió en el primer español en arribar a Honduras con propósitos de conquista. Fundó la villa de San Gil de Buena Vista y se internó en territorio hondureño pacificando a los indios, luchando contra los españoles que le disputaban el territorio, así como esperanzado en encontrar el desaguadero del lago de Nicaragua.
Luego Hernán Cortés, movido por los informes que había recibido sobre la gran riqueza del país, envió entonces dos expediciones, una por tierra y otra por mar. Encargó la primera a Pedro de Alvarado y la segunda a Cristóbal de Olid. Pero este último lo traicionó.Por este motivo, Cortés salió de México a la cabeza de una expedición que duró cerca de dos años y terminó, tras miles de peligros y privaciones, en Trujillo (Honduras).
Cortés introdujo el ganado y fundó la villa de la Natividad de Nuestra Señora, cerca de Puerto Caballos. Antes de regresar a México (1526), nombró a Hernando de Saavedra gobernador de Honduras y dejó instrucciones de darles buen trato a los indígenas.
El 26 de octubre de 1526, Diego López de Salcedo fue nombrado por la corona española gobernador de Honduras, en sustitución de Saavedra. La siguiente década estuvo marcada por las ambiciones personales de los gobernantes y los conquistadores, interfiriendo con la organización gubernamental. Los españoles establecidos se rebelaron en contra de sus líderes, y los indios se levantaron contra sus patrones y contra los malos tratos.
A la muerte de Salcedo (1530), los españoles de origen europeo se convirtieron en árbitros del poder. Ponían y quitaban gobernadores. Ante esta situación, los mismos colonos solicitaron a Pedro de Alvarado poner fin a la anarquía. Con la llegada de Alvarado en 1536, el caos disminuyó, y Honduras quedó bajo autoridad.
En 1537, Francisco de Montejo fue nombrado gobernador. Al llegar a Honduras, anuló las reparticiones de tierras hechas por Alvarado. Su capitán, Alonso de Cáceres, fue el responsable de sofocar la insurrección indígena de 1537 y 1538, dirigida por el cacique Lempira.
En 1539 Montejo y Alvarado tuvieron serios desacuerdos sobre la región, lo cual llamó la atención del Consejo de Indias. Montejo se fue a Chiapas, y Alvarado se convirtió en gobernador de Honduras.Hecho esto, Pedro de Alvarado, con la aprobación del Rey, anexó Honduras a Guatemala.
La derrota de Lempira y la reducción de luchas rivales entre españoles contribuyó a la conquista y al aumento de la actividad económica en Honduras. A finales de 1540, Honduras parecía encaminarse rumbo al desarrollo y la prosperidad, con el establecimiento de Gracias como capital de la Audiencia regional de Guatemala. Sin embargo, esta decisión creó resentimiento en los centros más poblados de Guatemala y El Salvador. En 1549, la capital de la Audiencia fue trasladada a Antigua, Guatemala y así Honduras se mantuvo como una provincia dentro de la Capitanía General de Guatemala hasta 1821.
Por cerca de tres siglos, Honduras fue parte de la Capitanía General de Guatemala, por lo que su independencia, giró alrededor de los acontecimientos proindependentistas en las demás provincias. Luego de la ocupación de España por parte de los franceses, se produjeron en Nicaragua, El Salvador y Guatemala (1811-1813) los primeros actos de insurrección en favor de la independencia de Centroamérica. En Honduras, los españoles recurrían a la perpetuidad en el poder con el propósito de ahogar la causa independentista.
Desde 1813 a hasta 1820, no se dieron en Centroamérica otros sucesos notables en relación con la independencia. Fue hasta principios de 1821, cuando México a través del Plan de Iguala declaró su independencia total de España el 24 de febrero. Este suceso, aceleró la independencia de Centroamérica, la cual se consumó el 15 de septiembre de 1821 con una declaración, la cual fue redactada por José Cecilio del Valle.
La euforia de la independencia duró muy poco, ya que en enero de 1822, por iniciativa de los conservadores,y del emperador Agustín de Iturbide, las provincias unidas de Centroamérica se unieron al imperio mexicano. Esta unión duró hasta la caída del mismo Iturbide en marzo de 1823