Honduras es uno de los países qué más en riesgo está de los efectos negativos del cambio climático según la Comisión Económica para América Latina y el Caribe de las Naciones Unidas.114
La frecuencia de desastres naturales en Honduras, como las inundaciones, avalanchas de lodo, huracanes y las tormentas tropicales, se pronostica que aumenten mientras vaya intensificándose el cambio climático, según la agencia de los Estados Unidos para el Desarrollo Internacional
Más de 65% del territorio hondureño es montañoso, con un promedio de 1000 m s. n. m. La Cordillera Centroamericana divide al territorio en tres regiones: La Oriental, Central y Occidental. Geomórficamente, el territorio hondureño está dividido en tres zonas: Planicie Costera del Norte, Planicie Costera del Sur, y Región Montañosa (compuesta por las cordilleras del norte, centro y sur).
Honduras tiene una biodiversidad excepcionalmente alta en relación con su tamaño. Su ubicación tropical privilegiada entre dos océanos y sus condiciones topográficas crean una gran variedad de hábitats, desde bosques nublados a arrecifes coralinos, favorables para una alta diversidad de flora y fauna.
Honduras cuenta con 43 352 km² de bosques (4 335 200 ha), además el 53% del territorio son zonas forestales, ocupado el puesto 74 a nivel global. Sus bosques se conforman de 5 tipos diferentes; Bosque húmedo, bosque nubloso, bosque seco, bosque manglar y bosque pinar.
Destacan los bosques de la Reserva de la Biosfera de Río Plátano, que cubre un área de 5251 km² o 390 000 hectáreas de selva tropical, con una abundante flora y fauna, donde viven más de 2000 indígenas. Algunos de los ríos en la biósfera son el río Plátano y las cuencas de los ríos Guampu, Panluya y Sicre.
Las áreas de bosque de Honduras disminuyen cada año debido a la tala y quema de los bosques que no solo están reduciendo la biodiversidad, sino también afectan las fuentes de agua de que dependen sus habitantes. La superficie de agua de Honduras es tan solo de 200 km², la menor en toda Centroamérica.
Según el Plan Nacional Estrategia de Biodiversidad y de Acción, existe un total de 7524 especies en Honduras, de las cuales 170 tienen una distribución limitada. Este total incluye 744 especies de aves de las cuales 59 se consideran amenazadas en el país; 231 especies de mamíferos de las cuales 3 son endémicas, 19 amenazadas, ocho en peligro de extinción; 116 especies de anfibios y 200 especies de reptiles. En el océano Atlántico se conocen 197 especies de peces y 387 en el Pacífico. Puesto que artrópodos son la taxa menos conocida en el mundo, se estima que Honduras pueden haber unos 30 000 especies. hasta ahora se han identificado 2500.
Según el artículo 7 de la constitución hondureña: Son símbolos nacionales: la Bandera, el Escudo y el Himno
Ave Nacional: la guacamaya roja (Ara macao) o guara roja, como es comúnmente llamada en Honduras. Declarada Ave Nacional el 28 de junio de 1993 mediante decreto legislativo n.º 36-93.
Mamífero Nacional: el venado cola blanca (Odocoileus virginianus). Declarado Mamífero Nacional en el mismo decreto del Ave Nacional.
Árbol Nacional: el pino, declarado mediante acuerdo n.º 429, emitido el 14 de mayo de 1928. En el mismo se lee que el Árbol Nacional es: «el Pino que figura simbólicamente en nuestro Escudo». Sin embargo, el pino es un género, no una especie; y en el decreto vigente del escudo nacional no se especifica qué especie de pino debe aparecer, por lo cual ha existido confusión. La especie que se suele asociar al árbol nacional es el Pinus oocarpa, por ser una de las más abundantes en el territorio nacional.
Honduras, se encuentra ubicada en la parte más ancha del istmo centroamericano. Esta limitada al norte por el Atlántico, al Este por el mismo mar y la República de Nicaragua, al sur por Nicaragua, el golfo de Fonseca y la República de El Salvador y al oeste por Guatemala. La extensión superficial de Honduras, comprendiendo todas sus islas, es de 112 090 km².Sus costas tienen una longitud total de 823 km, de los cuales 669 km dan al mar Caribe y 163 km al golfo de Fonseca en el Océano Pacífico.
El 8 de octubre de 2007 el Tribunal Internacional de Justicia fijó la frontera marítima entre ambos países a 15 grados de latitud norte y 83 grados de latitud oeste, adjudicando a Honduras la soberanía de las islas Cayo Bobel, Cayo Port Royal, Cayo Savanna y Cayo del Sur y quedando Cayo Edimburgo en el lado nicaragüense, mientras que los límites con Guatemala fueron definidos por el laudo del tribunal Hughes emitido en Washington en 1933.
En el mar Caribe, Honduras cuenta con el archipiélago de las Islas de la Bahía, compuesto por: Utila, Roatán y Guanaja. También pertenecen a Honduras las islas del Cisne y los cayos Cochinos entre otros. En la zona del Golfo de Fonseca, que comparte con Nicaragua y El Salvador, Honduras cuenta con las islas de Zacate Grande, la Isla del Tigre, Garrobo, Exposición, Güegüensi y otras islas menores.
Honduras se encuentra localizada en una posición tropical de 15 a 16 grados al norte del ecuador. Únicamente cuenta con dos estaciones, las cuales están bien definidas: La estación seca y la estación lluviosa. La estación lluviosa comienza en mayo extendiéndose hasta el mes de julio con una pausa durante el mes de agosto; esta generalmente se reanuda en septiembre hasta el mes de noviembre cuando comienza la estación seca. Esta estación, se extiende hasta el mes de abril o mayo.
El promedio de las temperaturas altas a través de todo el país es de 32 °C (90 °F), y el de las temperaturas bajas es de 20 °C (68 °F).
El promedio anual de las temperaturas en el interior de Honduras es de 21 °C (70 °F).
El promedio de la precipitación anual es de 1000 mm (40 pulgadas) en las montañas, y en los valles de la costa norte es de 2500 mm (100 pulgadas).
Las zonas más bajas de la región costera tienen una media anual de 27 °C (80 °F) con altos grados de humedad.
En la zona costera del Atlántico se presenta por lo general un clima tropical lluvioso, con una temperatura media de 27 °C, máxima media de 30 °C Y una mínima media de 20,7 °C. La temporada de lluvias comienza en el mes de junio y por lo general dura hasta el mes de diciembre. El promedio anual de lluvias es de 2643 mm. La zona norte que abarca los departamentos de Cortés, y Yoro recibe un promedio anual de lluvia de 1200 mm durante en casi 5 meses del año. El promedio de humedad es del 75%. El promedio medio de temperatura anual de esta zona es de 26 °C con una máxima de 30 °C y una mínima de 21 °C.
La zona sur de Honduras cuenta con un clima de sabana tropical. En esta zona, se presenta generalmente un clima seco por seis meses o más. Durante la estación lluviosa, la zona sur acumula un promedio de 1680 mm. La temperatura media es de 29,1 °C máxima de 35 °C mínima de 23,4 °C. La zona central que corresponde a los departamentos de Francisco Morazán, Comayagua y La Paz, tiene un promedio de temperatura Media de 22,4 °C, máxima de 27,2 °C y mínima de 17,4 °C. El promedio de lluvia es de aproximadamente 1000 mm durante más de tres meses del año.
La Esperanza es conocida en todo el país por ser el pueblo más frío del país, al estar más alto que otras poblaciones en Honduras, este tiene una temperatura más baja que en promedio en otras zonas, también teniendo récords mínimos con temperaturas bajo cero.
La temperatura mínima que ha experimentado el país ha sido de -2 °C, en el Cerro El Pital a unos escasos kilómetros de Nueva Ocotepeque.