圖書室提供各項期刊服務，醫學專業期刊皆已邁向數位化時代，以訂購電子期刊為主，可透過電子資源查詢系統查詢，除了醫學專業期刊之外，尚有訂購紙本休閒期刊，並提供借閱服務。而圖書室期刊僅提供當年度期刊，非當年度期刊均不留存，其處理方式如下：
專業醫學紙本期刊：送慈濟大學圖書館評估裝訂典藏。
休閒紙本期刊：當年度書展拍賣。
如須尋找過刊請先透過館藏查詢系統查詢，若有館藏請至慈濟大學圖書館地下室過期期刊區尋找。若無可上館際合作系統向他館複印。
當年度紙本期刊館藏數量
西文醫學紙本期刊種數：贈閱共14種
中文醫學紙本期刊種數：訂閱共6種(3種單位典藏)、贈閱種
休閒紙本期刊種數：39訂閱種(2種單位典藏)