DICOMファイル単体もしくはDICOM画像を格納したフォルダをImageJにDrag&Dropする
圧縮DICOMは開けない
Enhanced DICOM (マルチフレーム) は開ける
拡張子を.rawにしてDrag&Dropするとヘッダサイズなど詳細に指定可能でCTの生データ等を開く際に便利
Image > Show Info... もしくはprint(getInfo("XXXX,YYYY"));マクロでDICOM Tagを参照できる
Image > Adjust > Window/Level
Setから手打ちするのが手っ取り早く、☑Propagate to all open imagesで全てのウィンドウのWW/WLを変更できる
ImageJインストールフォルダのmacros内ににPropagateMinAndMax.txtが存在しないと上記Propagate to all open imagesが正常に動作しない
setMinAndMax(min, max);のマクロをファイルとして保存し、Plugins > Shortcutsに登録すれば任意のキーでWW/WL変更が可能(詳細はMacro Tips)
Analyze > Tools > Synchronize Windowsを使うとスライス位置やROIを同期できる
Plugins > Macros > Recordで操作を全てマクロとして記録できる
RecorderウィンドウのCreateボタンでマクロを生成
4D画像を1つのウィンドウで開くとハンドリングが簡単になりROIを置く際にも便利(スクロールバーが複数出現する)
方法(1)
3Dの画像を個別のウィンドウで開いておきImage > Stacks > Tools > Concatenate (☑Open as 4D image) で1つのウィンドウにまとめる
全てのウィンドウのスライス枚数が同じでないといけない
Open as 4D imageにチェックしなかった場合はスクロールバーが1本のまま全ての画像が1つのウィンドウにまとまる > 方法(2)へ
方法(2)
全ての画像を1つのウィンドウで開いておきImage > Hyperstacks > Stack to Hyperstackで4D化する
Channels × Slices × Frames = トータル画像枚数でないといけない
4D画像の場合はChannelsは1とし、5Dの場合はChannelにも割り当てる
Order: の項目ミソになる(以下4Dの例)
画像をめくった際にまずz位置が動き、一番下まで行くと次のフレーム画像が出てくる(Dynamic造影のような)場合はxyczt
画像をめくった際にまず画像時刻などが動き、次いでz位置が動く(Dual phase T1WIのような)場合はxyctz
Plugins > Utilities > Find Commandsでメニュー内のコマンドを探せる
Plugins > Utilities > Control Panelでメニュー内のコマンドをワンクリックで実行できる
Edit > Options > DICOMの☑Open as 32-bit floatでDICOMを開く時にDICOM TagのRescale slopeが反映される
Java1.8版はレンダリング周り?が遅いのでMacroの処理速度重視だとJava1.6版が有利
Java1.6版for Macはレンダリング周り?にバグがあって特にzoom時に頻繁にクラッシュする