Tips for the NIH ImageJ

https://imagej.nih.gov/ij/

おもに放射線科領域に特化した使い方のTipsを羅列します。

おいおい追加していきます。

一般操作Tips

DICOMを開く

• DICOMファイル単体もしくはDICOM画像を格納したフォルダをImageJにDrag&Dropする

• 圧縮DICOMは開けない

• Enhanced DICOM (マルチフレーム) は開ける

• 拡張子を.rawにしてDrag&Dropするとヘッダサイズなど詳細に指定可能でCTの生データ等を開く際に便利

• Image > Show Info... もしくはprint(getInfo("XXXX,YYYY"));マクロでDICOM Tagを参照できる

表示条件の変更

• Image > Adjust > Window/Level

• Setから手打ちするのが手っ取り早く、☑Propagate to all open imagesで全てのウィンドウのWW/WLを変更できる

• ImageJインストールフォルダのmacros内ににPropagateMinAndMax.txtが存在しないと上記Propagate to all open imagesが正常に動作しない

• setMinAndMax(min, max);のマクロをファイルとして保存し、Plugins > Shortcutsに登録すれば任意のキーでWW/WL変更が可能（詳細はMacro Tips）

ウィンドウの同期

• Analyze > Tools > Synchronize Windowsを使うとスライス位置やROIを同期できる

操作の簡略化

• Plugins > Macros > Recordで操作を全てマクロとして記録できる

• RecorderウィンドウのCreateボタンでマクロを生成

4D・5Dで開く

• 4D画像を1つのウィンドウで開くとハンドリングが簡単になりROIを置く際にも便利（スクロールバーが複数出現する）

• 方法(1)

  • 3Dの画像を個別のウィンドウで開いておきImage > Stacks > Tools > Concatenate (☑Open as 4D image) で1つのウィンドウにまとめる

  • 全てのウィンドウのスライス枚数が同じでないといけない

  • Open as 4D imageにチェックしなかった場合はスクロールバーが1本のまま全ての画像が1つのウィンドウにまとまる > 方法(2)へ

• 方法(2)

  • 全ての画像を1つのウィンドウで開いておきImage > Hyperstacks > Stack to Hyperstackで4D化する

  • Channels × Slices × Frames = トータル画像枚数でないといけない

  • 4D画像の場合はChannelsは1とし、5Dの場合はChannelにも割り当てる

  • Order: の項目ミソになる（以下4Dの例）

    • 画像をめくった際にまずz位置が動き、一番下まで行くと次のフレーム画像が出てくる（Dynamic造影のような）場合はxyczt

    • 画像をめくった際にまず画像時刻などが動き、次いでz位置が動く（Dual phase T1WIのような）場合はxyctz

misc

• Plugins > Utilities > Find Commandsでメニュー内のコマンドを探せる

• Plugins > Utilities > Control Panelでメニュー内のコマンドをワンクリックで実行できる

• Edit > Options > DICOMの☑Open as 32-bit floatでDICOMを開く時にDICOM TagのRescale slopeが反映される

• Java1.8版はレンダリング周り？が遅いのでMacroの処理速度重視だとJava1.6版が有利

• Java1.6版for Macはレンダリング周り？にバグがあって特にzoom時に頻繁にクラッシュする

Macro Tips

Plugin Tips