En SEK Santa Isabel trabajan a través de diferentes programas:
Learning Paths: Son rutas de aprendizaje por los alrededores del colegio, que ayudan a contextualizar y aplicar los conocimientos adquiridos en el centro escolar y a las que acceden a pie por estar en un entorno singular en el centro de Madrid, cercanos a zonas verdes, museos y edificios históricos. Esas rutas las tienen trazadas por todo el centro escolar para que el alumno las tenga presentes y se establecen a través de estos ejes: Historia, art & music, impacto social, literatura y bienestar.
Passion Pursuits: Es un programa por el cual los alumnos elaboran un proyecto anual a partir de sus propias elecciones y sus intereses, guiados en todo momento por los educadores.
Programa Play Music: A través de él se busca la mejora de habilidades musicales. Actualmente están desarrollando una orquesta sinfónica y un grupo de percusión.
Forest School: Los alumnos realizan un aprendizaje holístico en el ámbito natural a través de su propia exploración y la colaboración con otros. Teiene un acuerdo con el parque del Retiro de Madrid para desarrollar en sus instalaciones dicho programa.
Inteligencia Artificial y Realidad Aumentada: Realizan proyectos para que el alumnado entienda y sepa utilizar las últimas tecnologías.
Proyecto Institucional del Bienestar: Han implementado varias instalaciones deportivas como Climbing Walls. Además, trabajan la inteligencia emocional (medidor emocional de Ruler) porque la salud mental de los estudiantes es una prioridad.
Programa Estrella: Implementa el enriquecimiento y desarrollo personal de los alumnos de AA.CC. trabajando desde la perspectiva cognitiva, emocional y social.