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El Sistema de Gestión de la Calidad Institucional se encuentra ordenado con base en procesos generales que denominamos macroprocesos. Estos macroprocesos se muestran en el siguiente mapa de macroprocesos. 

En el mapa se puede ver en color lila los macroprocesos estratégicos. En color ámbar claro se encuentran los macroprocesos de control. En azul claro se encuentran los macroprocesos específicos que se desarrollan en las instituciones u órganos del Ministerio, a los que hemos denominado "Macroprocesos Misionales Generales". Finalmente, en color gris se muestran los macroprocesos que brindan apoyo a los demás.

Los macroprocesos misionales generales contienen otros macroprocesos dentro de ellos, que se pueden observar en los mapas que aparecen más abajo. Respecto a estos:

1. El macroproceso misional general de Protección Fitosanitaria es realizado por el Servicio Fitosanitario del Estado (SFE).

2. El macroproceso misional general de Protección de la Salud Pública y Animal es realizado por el Servicio Nacional de Salud Animal (SENASA).

3. El macroproceso misional general de Innovación Agropecuaria es realizado por el Instituto Nacional de Innovación y Transferencia en Tecnología Agropecuaria (INTA).

4. El macroproceso misional general de Extensión Agropecuaria es realizado por la Dirección Nacional de Extensión Agropecuaria (DNEA).

5. El macroproceso misional general de Fortalecimiento de capacidades para mujeres y jóvenes del sector agropecuario es realizado por el Consejo Nacional de Clubes 4 S (CONAC 4 S)

El macroproceso misional general de Protección Fitosanitaria es realizado por el Servicio Fitosanitario del Estado (SFE). Dentro de este, se encuentran varios macroprocesos que tienen que ver con la vigilancia y control de plagas, la regulación de organismos vivos modificados utilizados en la agricultura, el control del intercambio comercial de vegetales, la certificación fitosanitaria para exportación y las actividades de registro y fiscalización de agroquímicos, así como los macroprocesos que apoyan la gestión misional de estos.

El macroproceso misional general de Protección de la Salud Pública y Animal es realizado por el Servicio Nacional de Salud Animal (SENASA). Dentro de este, se encuentran los macroprocesos de Gestión para la autorización de operación, gestión de la inocuidad de productos de origen animal, gestión de la cuarentena animal, gestión de alimentos para animales, gestión de medicamentos veterinarios, control epidemiológico y gestión de la salud reproductiva, así como los macroprocesos que apoyan la gestión misional de estos.

El macroproceso misional general de Innovación Agropecuaria es realizado por el Instituto Nacional de Innovación y Transferencia en Tecnología Agropecuaria (INTA). Dentro de este, se encuentran los macroprocesos de investigación agropecuaria, producción, conservación y reproducción de germoplasma vegetal y animal, gestión del conocimiento y uso, manejo y conservación de suelos , así como los macroprocesos que apoyan la gestión misional de estos.

El macroproceso misional general de Extensión Agropecuaria es realizado por el Dirección Nacional de Extensión Agropecuaria (DNEA). Dentro de este, se encuentran los macroprocesos de Gestión de coordinación agropecuaria, gestión de la sostenibilidad de producción, gestión del recurso del suelo y agua, gestión de la agenda agroclimática, gestión de la producción orgánica, gestión de modelos de producción emergentes , desarrollo de capacidades empresariales y gestión de incentivos agropecuarios, así como los macroprocesos que apoyan la gestión misional de estos.

En construcción.