亞東醫院胸腔外科成立甚早，於創院初期即具雛形。1999年，朱樹勳院長就任，帶動醫院快速進步。2006年亞東紀念醫院通過評鑑，成為新北市唯一的醫學中心，而胸腔外科業務的質及量亦快速成長。2010年，梁嘉儀醫師加入後為目前本科主任。本院胸腔外科為新北市提供胸腔外科手術服務之主要醫院，尤其是微創胸腔內視鏡手術的發展為本院特色。每年各類胸腔手術兩百例以上，主要治療的疾病包括：肺部、胸腔壁疾病、氣管、食道、橫隔及縱膈腔的診斷與全面照顧治療。

本科現有主治醫師四位、住院醫師五位。

1、內視鏡檢查：支氣管、胸腔鏡、縱膈腔鏡之檢查。

2、胸部外傷：如氣胸、血胸、乳糜胸、肺挫傷、氣管支氣管之損傷、肋骨骨折以及胸骨骨折。

3、胸壁之疾病：如胸壁感染、腫瘤、雞胸、漏斗胸、畸形等。

4、胸腔病變：如膿胸、肺積水等、支氣管性囊腫、肺癌、肺膿瘍。

5、氣管及支氣管腫瘤、異物取出、氣切管手術。

6、縱膈腔之感染、腫瘤、重症肌無力之外科治療，巨大之甲狀腺腫大合併侵入縱膈腔者。

7、橫膈膜之疾病：如橫膈疝氣、橫膈膨出症以及肝性水胸。

8、食道之疾病：如食道憩室、食道狹窄、食道孔疝氣、胃酸逆流性食道炎、食道之創傷、腐蝕性潰瘍、食道馳緩不能、食道痙攣、食道癌等。

9、內視鏡手術：氣胸、肺腫瘤、膿胸、食道以及前縱膈腔等。