Nuestra liga fue creada en 1996, al mismo tiempo que la Federación de Fútbol. Nuestro primer campeón de toda la historia de la liga fue el Mickey Mouse tras derrotar en la final ante el Chacho Filetón. En 1997, los pitufos ganarían la liga al derrotar al Abejas, y al otro año, los abejeros ganarían la liga. Sin embargo, en 1999 Mickey conquista el bicampeonato de liga MU. Pero, entre el 2000 y 2001 ocurrirían títulos inéditos en la historia, siendo en el 2000 ganada de forma épica por el Heredia y en el 2001, los bravos Marineros de El Marín ganarían la liga al derrotar al Mismo Heredia en la final. Entre 2002 y 2003, Mickey Mouse sería bicampeón al ganarle en la final del 2002 al D.S.F.C. 1931 y al Heredia en la edición del 2003. En 2004, Chacho levantó su segundo título de liga, y en 2005 el Mickey Mouse levantó la liga por quinta vez, esta vez al derrotar a un combativo equipo de Bam Bam. Sin embargo, en 2006, fue uno de los torneos más sorprendentes de la historia de liga, ya que el Cárdenas, logró ganar la liga Muñequera de ese año al ganarle al Mickey Mouse en una final sin precedentes. Entre 2007 y 2010, ocurriaría un dominio absoluto en la Liga, ya que, el CD Cheque ganó la Liga por 4 ediciones consecutivas (2007, 2008, 2009 y 2010). Pero en 2011, el Mickey Mouse levantó su sexto y último título de liga al ganarle al CD cheque, rompiendo con la hegemonía amari-azul. En 2012, Deportivo Maldonado haría historia y logró hacer la hazaña, derrotando al Mickey Mouse en la final. Para 2013, el David FC sería campeón de liga por primera vez al derrotar al Chacho Filetón en la final. En 2014, El Superdepor Maldonado volvería a ganar la liga ante el David FC. En 2015, el Chacho logró ganar la Liga Muñequera al Echeverría en la final, siendo este su último título de liga que los chachientos conquistaron. En 2016 hubo un cambio en el sistema, ya que surgieron dos torneos cortos (Apertura y Clausura). En ese año ocurrieron dos finales épicas entre el David FC y el CD Cheque, en el Apertura ganaría el CD Cheque por penales, y en el Clausura el David alzaría la segunda estrella de su historia. En 2017,2018, 2019 y 2020 serían dominadas por el David FC (2017 A y C), Deportivo Maldonado (2018 A y C),CD Cheque (2019 A y C, 2020). En 2021, sería otro año épico, ya que se enfrentaron David FC y Deportivo Maldonado por el  título de liga, siendo el apertura ganada por el David FC en una final que se desarrolló a puerta cerrada por la pandemia, y en el clausura ya con el regreso triunfal del público, siendo ganada por el Maldonado. En 2022, ganarían la liga el D.S.R.O. al David FC en el Apertura, y el Clausura el Heredia al Echeverría. En el 2023, ocurrió otro cambio, en el torneo apertura se crearía un Final Four y la primera edición bajo este formato sería ganada por el Amaya, al derrotar al CD Cheque en la final en el Estadio Ficticio de Santiago de Compostela, Camina a Galicia. Los otros equipos participantes fueron el David FC y Hairspray QT. En el Clausura, se mantuvo la proporción de los 8 clasificados y la liga sería ganada por el Cárdenas al derrotar al CD Cheque por penales. En 2024, La liga Muñequera sería ganada en el apertura por el CD Cheque, al derrotar en la final al David FC.

Aquí les mostramos los ganadores de la Liga Muñequera a lo largo de la historia.