El día 6 de noviembre de 1996, surgió esta federación de fútbol ficticio y de carácter aficionado con el objetivo de dar las más máximas emociones futboleras. La primera competición en ser inaugurada fue la Liga MU del 96 en donde participaron 20 equipos, y el primer campeón fue el FC ''Mickey Mouse''. En ese mismo año se aplicó el ascenso y descenso respectivamente.

En 1998, se reestructuró el sistema de ligas nacional, siendo la Liga MU el campeonato de primera división, La Liga de Honra MU como la segunda división, La II División B como la tercera división, la III División como la cuarta división y desde la quinta división hasta la octava división, los torneos departamentales de las Asociaciones de Fútbol Amateur.

En 2003, la segunda División de Muñequerin se reestructuró con su cambio de nombre a ''Segunda División Profesional''. por lo que entre 2006 a 2012, la liga Muñequera celebraría ediciones que quedarían para la historia con partidos y finales épicas sin precedentes.

En febrero de 2013, un personaje que es considerado uno de los más importantes de la historia de esta federación, David Celis, decide hacerse cargo de la federación con un simple objetivo, generar el fútbol ficticio a través de la imaginación. Desde 2014, Celis es el presidente de la Liga Muñequera. En 2016, la Liga Muñequera se dividió en dos torneos (Apertura y Clausura). Desde su gestión, la liga ha obtenido gran éxito y popularidad cada año, gracias a nuestra venta de NPT (Narración, Promoción de los partidos y transmisión en vivo de los mismos). Para 2023, la FMF abrió sus redes sociales, siendo Instagram la primera red social en dar a luz a nuestro contenido, haciendo expandir nuestro contenido con el resto del mundo.