Arc 1 : Observer on the Timeless Temple

2017. Chaldea annonce avoir détecté une anomalie dans l'histoire du genre humain. Pour y remédier, ils engagent des Masters potentiels. Ceux-ci auront pour mission d'invoquer un Servant et de plonger dans le passé pour la réparer. Cette irrégularité est nommée Singularité. Alors que le dernier briefing, tenu par Olga-Marie Animusphere, se déroulait, une bombe explosa, emportant 47 des 48 Masters engagés. 

En état d'urgence, l'organisation désigna Romani Archaman comme directeur de substitution. Ce dernier expliqua alors la situation aux rescapés. Il fallait réparer la Singularité avant qu'elle ne cause la fin de l'humanité.

1er janvier 2019. Chaldea, l'organisation ayant pour but de protéger l'humanité et ayant sauvé celle-ci de l'incinération voulue par Eve, qui a récemment changé de directeur, a été attaquée par deux Servants d’origine inconnue, qui ont détruit toutes ses installations. Heureusement, une poignée d’employés, Elijah Clicktoclick Lenoir-Watt (le nouveau directeur), Aoki Chinami et Gamjeong Keun (deux Masters); ainsi que Leonardo da Vinci, Sigmung Freud, Annie Oakley, et Sasaki Takauji (quatre Servants) ont réussi à en réchapper à bord du Shadow Border. 

Le même jour, la surface de la Terre a été blanchie. Toute forme de vie et de civilisation a totalement disparu. Et sur cette surface immaculée ont germé sept arbres à la provenance mystérieuse. Chacun d’entre eux soutient un monde. Une histoire alternative qui, en temps normal, aurait été effacée par défaut : une Lostbelt. Sur ces nouvelles réalités règnent des êtres tout puissants, les Lostbelt Kings. Ils sont secondés par les Crypters, d'anciens Masters de Chaldea, membres de la Team A (meilleure équipe d’intervention de l’organisation) qui ont pour objectif de faire prospérer ce monde, en compétition avec les autres pour qu’à la fin, il n’en reste plus qu’un qui deviendra la nouvelle réalité. 

Mais tout n'est pas perdu pour notre monde ... Chaldea existe toujours, bien qu'affaiblie. De plus, une résistance s'est mise en place : des Servants invoqués indépendants invoqués par la Counter-Force luttent contre les Lostbelts et leur ordre établi pour détruire ces mondes qui ne devraient pas exister.