A Presidência é o nível hierárquico mais alto do CAAF. Compete a ela ser a representante legal do Centro Acadêmico, especialmente se tratando de questões relacionadas ao CNPJ. Também possui as seguintes funções: convocar e mediar as reuniões e assembleias gerais, além de acompanhar e direcionar os projetos de todas as diretorias através de reuniões com os diretores. Ademais, são responsáveis por representar o CAAF e os alunos de farmácia em reuniões com os coordenadores do curso e representantes de outros cursos.

Na gestão Medusa, a presidência é constituída por Bruna de Paula, Giovanna Ribeiro e Luana Emilly. Bruna é ex-diretora da Tesouraria, enquanto Giovanna e Luana, de Eventos e Assuntos Estudantis, respectivamente.