A Presidência é o nível hierárquico mais alto do CAAF. Compete a ela ser a representante legal do Centro Acadêmico, especialmente se tratando de questões relacionadas ao CNPJ. Também possui as seguintes funções: convocar e mediar as reuniões e assembleias gerais, além de acompanhar e direcionar os projetos de todas as diretorias através de reuniões com os diretores. Ademais, são responsáveis por representar o CAAF e os alunos de farmácia em reuniões com os coordenadores do curso e representantes de outros cursos.

Na gestão Overdose, a presidência é constituída por Fran Mendonça, Lucas Faria e Miguel Ambrizzi. Fran é ex-diretora de Assuntos Estudantis, enquanto Lucas e Miguel, de Comunicação e Criação e Esportes, respectivamente.