L'histoire de l’actuelle église paroissiale de Môtiers est étroitement liée à celle du prieuré auquel l'église était rattachée avant la Réforme. Le monastère Saint-Pierre de Vautravers a été créé à Môtiers au 6^e-7^e siècle et reconstruit à de nombreuses reprises. L’ancienne église Notre-Dame présente encore quelques pans de mur remontant à l’an mil, mais ses principales dispositions en font un édifice très représentatif de l’architecture gothique, époque de la reconstruction vers 1486 de son chœur et de son avant-chœur, qui ont été remaniés en 1678, de sa très belle nef, dont les arcades et le plafond lambrissé datent de 1515, de ses chapelles latérales, fondées l’une, au nord, en 1462 et l’autre, au sud, en 1481.

Le monastère bénédictin de Vautravers a été rattaché à l’abbaye de La Chaise-Dieu dès la fin du 11^e siècle, après que Cluny ait tenté en vain d’en prendre possession. C’est l’une des plus anciennes fondations monastiques de l’Arc jurassien, comme l’ont récemment révélé des fouilles archéologiques ayant livré des vestiges d’églises comparables aux premiers lieux de culte de Romainmôtier. Aujourd’hui, son souvenir persiste dans la présence de deux églises médiévales bâties côte à côte, faisant de Môtiers l’un des derniers témoignages conservés en Suisse de monastère du haut Moyen Age comptant plusieurs églises.