時代背景是明朝亡國前一年，由於闖王李自成攻克福王，又帶領農民組成的義軍開始進攻開封。朝廷人士舉薦牢獄之中的孫傳庭，帶兵上陣。孫傳庭帶兵處事有自成一格的態度，那就是欲與整個大明朝風氣相抗衡的一股傳統士大夫精神，堅毅不拔。身處亂世，難免要祭出一些手段。首先整頓軍容，狙殺曠職且不力的將領，拉攏仕紳，籌備軍糧，以冀克敵降軍之時到來，才得以重歸朝廷，保大明王國之存續，立不世之功名，盡愛國之襟懷。然而，政局腐敗，軍民積弱已久，軍備糧餉皆不足，更困難的是，從中獲利奪財的官員不勝枚舉，防不勝防。即使孫傳庭已有殺一儆百的動作，仍感到貪官汙吏殺之不盡。而拉攏仕紳也受到阻礙，沒有仕紳願意捐獻糧餉以資助明朝軍隊，就算仕紳們都私下佔據明朝軍隊的屯田，也算是大明朝的子民，卻看不出有絲毫的愛國情操。這些官員和仕紳的行徑都正好與孫傳庭成為對比。整頓軍容受阻，期間又發生一件大事，瘟疫來臨。

　　初起，軍中只是幾個案例出現，延請配有糧餉的醫師，趙提領前來就診。趙提領屬意開立古方給病人服用，但病情未見好轉。再次就診時，趙提領帶上另一名年輕醫師齊同看診。然而兩人卻對軍中此番病情有不一樣的見解，年輕的醫師認為是一種邪氣在軍中散布，導致病情控制不下來；趙提領卻認為是軍人剛駐紮此地，感受環境變化與以往居住地不同所導致。幾番爭執下，年輕的醫師被驅走了。這名年輕的醫師就是我國中醫史上首位提出疫癘之氣可以互相傳染的醫師，吳又可先生。本在太醫院受餉，然意見不得同道所認同，憤而出走，成為一名游醫，四處幫人治病消厄。後來因為用藥方式與一般醫道迥異而走上官府，吳又可雖有理但仍不被官爺認同，限制他不得在本境內繼續當醫生。吳又可莫可奈何，趕至潼關找舊時自己的授業老師投靠。沒想到又再度因為意見相左而不得申己志，只好再度上路。此時他對瘟疫的理論仍未構思完備。待得吳又可再度出走鄉里後，發現整村都因瘟疫突發，病死家中，而家中炊火仍未斷，他才知曉這波瘟疫來勢洶洶，卻也突然啟發了他對疫癘之氣的想法。也就是疫癘之氣是靠著空氣中的粉塵傳播，凡人往往在一吸一呼之間就得到了瘟疫，也散播了瘟疫，因此傳染之速莫可名狀。

　　得到此項啟發後，吳又可迅速返回老師家，要對他說明一切。然而老師卻也在軍中染上疫癘之氣，病發身亡。吳又可將老師屍首領回入殮，並且暗示軍中將領這是一次傳染性的瘟疫，絕非一般的傷寒病症。而軍中的疫情控制不住，每日死亡人數攀升，連孫傳庭也知悉了軍中疫情嚴重，在將領的報告下，延請吳又可來軍中治療病人，控制疫情。吳又可首先將得病者與常人隔離，並且依照病情嚴重程度作不同程度隔離。再將已死入土的軍人挖出，焚燒。每日嚴格把關煮藥程序餵食病人。從一開始捫心自問，質疑自己治癒眾病人的能力，到最後全權擔當責任，照顧病人。吳又可也感謝孫傳庭給予他近距離接觸疾病的機會。畢竟，吳又可的治療方式在當時是不被一般外界醫生所認可的，此段因緣際會，才能讓吳又可編纂出不世的巨作，《瘟疫論》。

　　為何孫傳庭和吳又可能夠締結惺惺相惜的友誼？吳又可面對瘟疫重用大黃，藥典上稱為將軍的大黃，掃蕩腸胃，有斬關奪門之功。而孫傳庭面對明末亂世，也是祭出重典，恫嚇匪寇。然而孫傳庭有著過於激進的心態，吳又可也逐漸發現這一點，最終他的醫術卻救不了軍營裡的病患。因為大軍拔營啟程，孫傳庭不願多費資源在沒有戰鬥力的病患身上，假借一場大火燒了全部的病患。後來吳又可認清事實，逃避隨隊軍醫的邀約，回歸故鄉蘇州。將自己對於瘟疫的遊覽經歷，想法藥方全部寫在一部書籍，瘟疫論裡面。

　　吳又可身為醫師，面對病患盡心盡力，奉獻自己所學，甚至跳脫古法的框限，建構一套新理論且行之有效，其實是符合醫學倫理四大原則的行善、誠信、不傷害的原則。然而病患身處軍營，都有服從軍隊的義務，願意不願意接受吳又可的治療其實是沒辦法選擇的，一切都聽由命令。這在今日的醫學倫理看來，是最不合理的部分。甚至到最後，這些病患都喪失權利決定自己的生死，一場火厄全部帶走了他們的性命。可是，軍隊本來就有一套規定在進行，吳又可一介醫師，又如何替病人挽回局勢？想必是不可能的。吳又可在劇中談到一句「瘟疫可治，但人心難復。王朝興替，自古皆然，惟醫道長存。」醫學本來就是清白的，有理可循，然而攀上了政治，就不再清澈，只是一片混濁，待千百年後人們才會選擇不戴有色眼鏡去看整個事件，才能夠還原醫學最根本的面貌。閱覽所謂醫學倫理的原則，莫不是探討醫者與病家的關係。因為醫者與病家的關係最貼近，互動最緊密，也就是吳又可提到的醫道。然而，我們常常忽略掉，醫者和病家所構成的整個事件，往往都附著在政局或者時代背景，而在當下的人們往往看不透最真切的醫道。舉大明劫一例，孫傳庭的存在就是影響醫道最深切的部分。即使吳又可有能力治癒病人，但卻沒能救活病人，醫者不能當一個醫者，病人不能當一個病人。可是醫道不存在嗎？存在，只是如陷五里霧中，令人不著邊際。今時今日的醫療糾紛不也如此？醫者和病人的關係難道千古以來有任何改變?理想狀態下的醫學倫理四大原則難道有曾改變?可是為何紛爭不斷？原因就在於，事件的背景讓人看不透事件的原貌。在今日的醫療糾紛中，判別對錯的機構，到底是醫院?還是衛福部？群眾？媒體？況且我們在討論醫療糾紛同時，審視的條件到底以醫師的臨床經驗為主，還是紀錄下來的理論為主？我們這個世代真的有辦法看透醫病關係，底層那暗潮洶湧的勢力結構嗎？我在《大明劫》這部電影裡面看到的是那個年代的人們，沒能夠珍惜真正的醫病關係，也不夠愛護這層關係，讓額外的勢力結構入侵，決定醫病關係的走向。目前我們能夠掙脫眼下的勢力結構嗎？仍需要我們多加琢磨研究。引頸期盼醫道能有一天得以再見清澈，重新思考醫病關係以及背後的勢力結構，彼此間的交互作用，然後醫道才能得以恢復。「問渠哪得清如許？為有源頭活水來。」