Associada às oficinas, o PET conta também com monitorias nas trilhas de seu entorno, realizadas em grupos. Durante o trajeto, são bordados diferentes temas, como a história do parque, a ecologia dos animais que ali residem, sustentabilidade, a relação de povos nativos com alguns tipos de plantas, entre outros. Tais temas divergem em cada uma das trilhas, como segue:

-Trilha Ecológica: visita às antigas instalações do Porto de Areia e da Olaria, minhocário, viveiro de produção de mudas e ao CRAS (Centro de Recuperação de Animais Silvestres). Atividades voltadas para a observação de fauna livre bem como para a compreensão dos problemas referentes à sua captura e venda.

-Trilha das Águas: passagem por diversos lagos do Parque, com atividades que explicam sobre o ciclo da água e a flora e fauna aquática.

-Caminho do Tietê: Percurso de  lagos e brejos banhados do rio Tietê repleto de animais silvestres. Atividades envolvendo o estudo do rio Tietê e da história de sua ocupação e exploração econômica, levantamento de soluções e a observação de áreas em recuperação.

No Parque, há a presença de um Centro de Recupração de Animais Silvestres (CRAS), que é o primeiro instalado no país e tem como  proposta recuperar os animais que chegam principalmente por meio de apreensões do tráfico ou de doações por proprietários. Geralmente, os animais estão debilitados por conta de má alimentação e/ou maus-tratos. Todo animal que chega é identificado e recebem tratamento curativo ou preventivo, depois passam por uma avaliação que indicará a necessidade de reabilitação ou demais cuidados, para assim serem soltos ou encaminhados a outros lugares como zoológicos.

Além disso, o CRAS também realiza os cuidados e monitoramento da fauna encontrada no PET, como os quatis e os macacos-pregos. Eles fornecem alimentação suplementada, cuidados para eventuais machucados de causa antrópica e também realizam castrações nesses animais, já que não possuem predadores ali para controlar sua população.

O parque consta com estacionamento aberto, onde quatis circulam livremente entre os carros, o que pode ocasionar riscos a vida destes animais. 

É possivel observar descarte irregulares de resíduos ao longo do parque, inclusive nas áreas mais afastadas das trilhas. Esses "depósitos de resíduos" infelizmente acabam atraindo os animais, principalmente os quatis, dos quais entram em contato direto com os resíduos em busca de restos de alimentos, assim podendo ingerir industrializados e/ou embalagens.

Associado a isso, diversas lixeiras, específicas para reciclagem encontram-se lotadas e danificadas, dando a entender que não são esvaziadas com frequencia.

Ao longo dos percursos das trilhas e no meio do parque existem diversos lagos e brejos, todos banhados pelo Rio Tietê. Porém, boa parte deles apresenta-se em estado de degradação. A ausencia de aves e outros animais podem estar relacionados a estes aspectos. 

Alguns estudos das águas do parque apontam a contaminação por coliformes de 64% da água do parque, indicando que havia despejo de matéria orgânica nos lagos. A variação de clima e pluviosidade afetavam a concentração de coliformes (Darlan storto, 2021). Apesar disso, a água está dentro da margem para uso recreativo secundário, similar à balneabilidade e a água fornecida para consumo não indicou contaminação alguma.