CSE527: Tin sinh học (Introduction to Bioinformatics)
Schedule
Thời gian: Tiết 8-11: 13h40 - 17h30
Địa điểm: Nhà C5 - Khoa CNTT- ĐH Thuỷ Lợi
Syllabus
Chương 1 - Kiến thức và khái niệm cơ bản
1.1. Giới thiệu về sinh học phân tử
1.2. Giới thiệu về bệnh lý học
1.3. Giới thiệu về dược học
Chương 2 – Các bài toán cơ bản trong Tin sinh học
2.1. Giới thiệu về Tin sinh học
2.2. Các bài toán cơ bản trong Y Sinh học
2.3. Các bài toán cơ bản trong Dược học
Chương 3 – Mô hình hóa các mạng sinh học
3.1. Giới thiệu bài toán
3.2. Cơ sở dữ liệu y sinh học liên quan
3.3. Các mô hình và công cụ mô phỏng
Chương 4 – Tìm các thành phần tế bào liên quan đến bệnh
4.1. Giới thiệu bài toán
4.2. Cơ sở dữ liệu y sinh học liên quan
4.3. Các phương pháp và công cụ tính toán
Chương 5 – Các bài toán trong Dược học hệ thống
5.1. Giới thiệu các bài toán
5.2. Các cơ sở dữ liệu y sinh dược liên quan
5.3. Các phương pháp và công cụ tính toán
Chương 6 – Y học cá thể hóa
6.1. Giới thiệu các bài toán trong Y học cá thể hóa
6.2. Các cơ sở dữ liệu y sinh dược liên quan
6.3. Các phương pháp và công cụ tính toán
Chương 7 - Phân tích hệ gen
7.1. Giới thiệu về hệ gen
7.2. Các bài toán trong phân tích hệ gen
7.3. Các phương pháp và công cụ phân tích
Công cụ phân tích Thống kê (R, R Studio)
Công cụ lập trình (Python)
Công cụ trực quan hoá, phân tích và tích hợp mạng sinh học (Cytoscape)
Công cụ Trực quan hóa và Tính toán độ tương đồng về ngữ nghĩa dựa trên Ontology (UFO)
Công cụ mô hình hóa mạng sinh học (NetDS, PANET)
Công cụ tìm các thành phần tế bào liên quan đến bệnh (GPEC, HGPEC)
Công cụ cho các bài toán trong Dược học hệ thống (DTIP, DT-Web, DINIES)
Công cụ cho các bài toán trong Y học cá thể hoá (TANDEM, CancerDP, KBMTL (Kernel-based MultiTask Learning))
Công cụ phân tích hệ gen (GATK cho Genome Analysis, pLINK cho GWAS)
PowerPoint Lecture Slides
Evaluation (for official students of the class only)
1. Progress (Attendance + Discussion + Assignment/Project + Midterm Test): 40%
2. Final Exam (Objective Test): 60%