Con más de cinco décadas de trayectoria, el INFLE es uno de los centros educativos más emblemáticos de la ciudad. Fundado en 1965, ha sido cuna de generaciones de estudiantes que han contribuido al desarrollo académico, social y político del país. Actualmente atiende a más de 1,700 alumnos en tres turnos: mañana, tarde y sabatino. El instituto ha modernizado sus instalaciones con la construcción de un gimnasio techado, fortaleciendo no solo la educación física, sino también el bienestar y el sentido de comunidad entre los jóvenes. Su compromiso con la excelencia educativa lo posiciona como un referente formativo en la región norte.

Ubicado en uno de los barrios más dinámicos de la ciudad, el Reino de Suecia es una institución pública de educación secundaria reconocida por su activa participación en actividades culturales, artísticas y cívicas. Su banda rítmica es una de las más destacadas en los desfiles patrios y eventos municipales, representando con orgullo a su comunidad estudiantil. El instituto promueve una educación integral basada en valores, responsabilidad social y compromiso con la identidad local. Más allá del aula, se ha consolidado como un semillero de talento joven y liderazgo.

​El Instituto Nacional Profesor Guillermo Cano Balladares (INPGCB) es una institución educativa pública de larga trayectoria en la ciudad. Fundado en 1964, ha desempeñado un papel fundamental en la formación académica de generaciones de estudiantes. Actualmente, ofrece educación secundaria en turnos matutino, vespertino, nocturno y sabatino, atendiendo a una población estudiantil diversa.​ 

El instituto cuenta con una infraestructura que incluye cinco pabellones, 22 aulas, biblioteca, cancha deportiva y áreas administrativas. Además, se ha caracterizado por su compromiso con la calidad educativa y la formación en valores. En 2020, fue objeto de un estudio académico que analizó los factores psicosociales asociados a la violencia escolar en estudiantes de décimo grado del turno vespertino, destacando la importancia de abordar temas relevantes para el bienestar estudiantil. 

​El Centro Escolar Monseñor Óscar Arnulfo Romero se encuentra en el sector norte de la ciudad, específicamente en el barrio que lleva el mismo nombre, a una cuadra al norte de la fábrica de puros NACSA. Fundado en 1986, surgió como respuesta a la creciente demanda educativa derivada del desarrollo urbano en esa zona. 

En años recientes, la institución ha experimentado mejoras significativas en su infraestructura. En 2016, se inauguró una cancha multiusos para actividades físicas y recreativas, y en 2018 se construyeron 270 metros de muro perimetral, fortaleciendo la seguridad y el entorno escolar. 

El colegio también se destaca por su participación en actividades culturales y comunitarias, como ferias de reciclaje y presentaciones artísticas, promoviendo valores de responsabilidad social y creatividad entre sus estudiantes. 

​El Recinto Universitario Elmer Cisneros Moreira es una de las sedes más modernas del Centro Universitario Regional (CUR) Estelí de la UNAN-Managua. Ubicado al noroeste de la ciudad, fue inaugurado en 2015 y lleva el nombre del exrector Elmer Cisneros Moreira, en honor a su legado en la educación superior nicaragüense.​

Este recinto alberga carreras como Administración Turística y Hotelera, Ingeniería Industrial, Ingeniería Agroindustrial, Educación Infantil, Educación Especial y Arquitectura. Cuenta con infraestructura especializada que incluye laboratorios, talleres de innovación, salas de dibujo, aulas modernas, espacios deportivos y áreas verdes. Además, se han implementado iniciativas ambientales como la arborización del campus y la instalación de un vivero de plantas medicinales, promoviendo la sostenibilidad y el compromiso con el entorno

La Universidad Nacional de Ingeniería cuenta con una sede regional en Estelí, conocida como el Recinto Universitario Augusto C. Sandino. Fundada en 2004 e inaugurada académicamente en 2005, se ubica en el antiguo espacio de la Hacienda El Higo. Su misión es formar profesionales altamente capacitados en distintas ramas de la ingeniería, con un enfoque en el desarrollo tecnológico y científico del norte del país.

Ofrece carreras como Ingeniería Civil, Sistemas, Agroindustrial e Industrial, y promueve la investigación, la innovación y el vínculo directo con las necesidades locales. Reconocida por su exigencia académica, especialmente en áreas como matemáticas y física, esta sede se ha convertido en un pilar formativo en la región.

El Colegio Nuestra Señora del Rosario (CNSR) es una de las instituciones educativas más emblemáticas de Estelí, Nicaragua. Fundado el 3 de abril de 1950 por la Madre Carmen del Niño Jesús, el colegio está dirigido por las Hermanas Franciscanas de los Sagrados Corazones de Jesús y María. Conocido popularmente como el "Colegio de las Monjas", ha sido reconocido por su excelencia académica y su compromiso con la formación integral de sus estudiantes. 

Actualmente, el CNSR atiende a aproximadamente 1,500 estudiantes desde educación inicial hasta undécimo grado. Su infraestructura incluye 22 aulas, un auditorio, un salón de audiovisuales, una biblioteca, dos capillas, cuatro canchas deportivas, laboratorios de física, química y biología, así como dos aulas de informática equipadas. El colegio se distingue por promover valores como la fraternidad, la justicia y la solidaridad, formando estudiantes con una sólida base académica y ética.