本田 直樹 （教授）
◦ 所属：名古屋大学大学院 医学系研究科・医学部医学科
＋名古屋大学 One Medicine創薬シーズ開発・育成研究教育拠点 データサイエンス部門
◦ 兼任：広島大学 統合生命科学研究科 / 理学部 数学科・特任教授（クロスアポイントメント）
◦ メール：honda.naoki.t1[at]f.mail.nagoya-u.ac.jp
◦ 経歴
コメント：愛媛生まれ、大阪府吹田育ち。理論研究は様々な生命現象を対象にできるのが醍醐味です。趣味はロードバイク・スキー。
矢田祐一郎（名古屋大学大学院医学系研究科 准教授）
コメント：情報系の研究室（大学院・東京）→医学系の研究室（ポスドク・京都）→現所属。神経疾患病態の理解・予測に情報工学的なアプローチで取り組んでいます。東広島は星が綺麗で、毎晩息子と眺めています。
研究テーマ：神経疾患の数理モデル、脳神経データ解析
太田亮作（名古屋大学大学院医学系研究科 特任助教）
コメント：薬学出身。生命現象の理解や創薬における数学/情報工学の必要性を痛感し本田研に来ました。座学ばかりに偏らず、実践とのバランスを取りながら研究を進めてゆく所存です。宜しくお願い致します。
研究テーマ：センサー開発、バイオマーカー探索
坂口峻太（名古屋大学大学院医学系研究科 特任助教）
コメント：学生時代は実験系メインのラボでほぼデータ解析をしていたので、ポスドクでは思い切ってドライのラボへと、本田研へやってきました。生命科学は今、シングルセルオミクスを始め、膨大な観測データが供給される時代です。単なる統計処理に留まらず、観測データの裏にあるルールを見つけ出す研究をしていきたいと思っています。
研究テーマ：多臓器scRNA-seq解析
堤 真人（名古屋大学大学院医学系研究科 特任助教）
コメント：博士課程では深層学習を用いた形態計測手法の開発を行ってきました。本田研では博士課程とは大きく異なり、ひきこもりや反芻思考がどういう要因で成り立つのかを数理モデルを用いて解明する研究をしています。写真は博論審査合格祈願のために自転車で富士山5合目まで登った時の写真です。
研究テーマ：意思決定関連
藤岡秀成（名古屋大学大学院医学系研究科 特任助教）
コメント：生物としてのヒトを理論的に解明したいと考えています。趣味はマラソン、ロードバイク。
研究テーマ：数理モデルによる生命現象理解
大河内 康之 （名古屋大学大学院医学系研究科 助教）
コメント：
研究テーマ：scRNA-seqデータからの空間的遺伝子発現の再構成
藤原 真奈 （名古屋大学大学院医学系研究科 研究員）
コメント： ある「個」を、まさにその「個」たらしめているのは何か？を考えています。これまで、知覚の経験を通して、外界についての主観的体験を生むメカニズムについて研究してきました。個々人のそれまでの履歴によって主観的体験の内容が異なってくるならば、そこに個人らしさのヒントがあるのではと考え、現在は学習の研究に取り組んでいます。色々な面白い話を聞けると嬉しいです。ぜひ「こんなの知ってる？」とお話しましょう。最近マニキュアを集めています。たまにビーズ刺繍。好きな食べ物は粕汁です。
Comment：I am thinking these days is What is it that makes an individual THE individual? I have been studying the mechanisms that give rise to subjective experience of the external world. If the content of subjective experience differs depending on the history of each individual, there might be a hint of individuality in it, so I am currently working on research on learning. I would be happy to talk on various interesting stories. Let’s have “Do you know anything about this? ” kind of talks!
研究テーマ： 恒常性維持のモデリング
西尾 真由美（名古屋大学大学院 医学系研究科 技術補佐員（秘書））
コメント：
金子貴輝（広島大学統合生命科学研究科 D3秋入学, リサーチフェロー, 名古屋大学 医学系研究科 特別研究学生,）
コメント：1を聞いて10を知るAIのための数学力がほしいです。想像上の概観は飽きるほど眺めたので、そろそろ地道に手を動かします。自作ヨーグルトはお腹を壊したので辞めます。趣味は妄想。論文翻訳用のツールとか作ったりもします。
研究テーマ：マルチモーダル混合深層モデル
研究場所：名古屋大学
曹 子牧（京都大学生命科学研究科 D3）
コメント： 学部と修士の時は細胞のDNA損傷応答と修復について研究をしました。別の角度から生命のメカニズムを理解したいため、心機一転して理論生物学の研究を始めました。趣味は鉄道旅行、小説とラジオを聞くことです。分野が大きく変わり、 未熟で至らぬ点も多いかと思いますが、気合を入れてがんばります。
研究テーマ：精神疾患の意思決定モデリングとバイオマーカー探索
研究場所：リモート
小池 二元（広島大学統合生命科学研究科 D3, リサーチフェロー, 名古屋大学 医学系研究科 特別研究学生, 広大リサーチフェロー）
コメント：生命現象を数理的な側面から見ることで、新たな洞察を得られたらなと思います。まだまだ勉強不足な点が多いですが、地道に頑張ります。
研究テーマ：神経回路のデータ解析
研究場所：名古屋大学
菊池 雄斗（広島大学統合生命科学研究科 D3, リサーチフェロー, 名古屋大学 医学系研究科 特別研究学生）
コメント：生物の群れにおける形成・形態変化の背景に潜むシステムの解明を目指して、日々パソコンとにらめっこしています。データを活用することで真に現象に根差したモデルが構築できると考え、データ駆動の門を叩きました。趣味は音楽とぼけっとすることです。どうぞよろしくお願いします。
研究テーマ：多細胞動態
研究場所：名古屋大学
西 健太郎 （広島大学統合生命科学研究科 社会人D2）
コメント：趣味はバレーボールです。数学と現象が結び付けられるところに魅力を感じました。よろしくお願いします。
研究テーマ：異種間データトランスレーション
研究場所：リモート
東野 伊織 （広島大学統合生命科学研究科 D2, AIリサーチフェロー, 名古屋大学 医学系研究科 特別研究学生）
コメント：滋賀県出身です！様々な数学的手法を用いて生命について解明したいと考えています！まだまだ未熟ですが頑張ります！
研究テーマ：意思決定関連
研究場所：名古屋大学
犬塚 健剛 （広島大学統合生命科学研究科 D2, AIリサーチフェロー, 名古屋大学 医学系研究科 特別研究学生）
コメント：脳の効率的かつ柔軟な情報処理メカニズムの解明に関心を持ち、また幅広く生物学にも興味があります。学部時代は薬学部の実験系ラボに所属していましたが、理論生物学と計算科学への興味から分野を大きく転向しました。趣味はバスケットボールとギターです。
研究テーマ：戦略の切り替えにおける数理モデリング
研究場所：名古屋大学
福井 雅也 （名古屋大学医学系研究科 D1, 社会人博士）
コメント：佐賀県出身です。趣味はピアノ演奏やナイトドライブです。生物や生命の仕組みを学び、たくさん吸収しつつ数学科での学びを活かして研究していきたいと思います。
研究テーマ：フィロポディア形成
研究場所：リモート
片岡 優之介 （広島大学統合生命科学研究科 D1, AIリサーチフェロー, 名古屋大学 医学系研究科 特別研究学生）
コメント：山口県出身です。数学科出身の強みを活かしながらこの分野で頑張ろうと思っています。趣味はマリオカートです。
研究テーマ：臓器連関のデータ駆動的解読
研究場所：名古屋大学
澤崎 義仁（広島大学統合生命科学研究科 D1）
コメント：
研究テーマ：多細胞組織動態の理論構築
研究場所：名古屋大学
中尾 敬太（広島大学統合生命科学研究科 M2）
コメント：自然言語処理が好きです。数値計算という機械的なところから言語という美しいものが生まれることに魅力を感じています。
研究テーマ：電子カルテの自然言語解析
研究場所：名古屋大学
吉村 仁（広島大学統合生命科学研究科 M2）
コメント：趣味はスポーツ、音楽、漫画など様々です。色んなことを吸収して頑張りたいと思っています。よろしくお願いします。
研究テーマ：コウモリ関連（研究指導：山田恭史准教授＠はこだで未来大学（元広島大学助教））
研究場所：広島大学
石原 匠（名古屋大学大学院医学研究科M1）
コメント：細胞の動きや働きを数理的アプローチから解明したいと考えています！温泉に行くのが好きです♨︎
研究テーマ：グラフニューラルネットワークを利用したERK活性の生物学的意義の解明
研究場所：名古屋大学
木村太祐（名古屋大学 医学部 医学科 B4）
コメント：
研究テーマ：
宮口紗良（名古屋大学 医学部 医学科 B4）
コメント：
研究テーマ：
寺田浩大（名古屋大学 医学部 医学科 B2）
コメント：頑張ります
研究テーマ：
Preferred Networks
Cornell University（進学）
Yale University（進学）
日本銀行
NTT Docomo
みずほリサーチ&テクノロジーズ
ニコン
ブレインパッド
テクノプロ・R&D
Qsol
株式会社ナガセ（東進ハイスクール）
IMBdx（Bioinformatic Company）
京都大学 博士研究員
名古屋大学 博士研究員
沖縄科学技術大学院大学 博士研究員
高校教師
フリーランスプログラマー
後藤真央耶（名古屋大学 医学部 医学科 B3）
コメント：
研究テーマ：
榊原悠人（名古屋大学 医学部 医学科 B3）
コメント：
研究テーマ：
中江健（自然科学研究機構 生命創成探求センター 特任准教授; , 2025.3 異動; 福井大学准教授）
研究場所：ExCELLS（愛知県岡崎）
鞠 涵秋（広島大学統合生命科学研究科 2025.3 修了, 博士（理学））
コメント：旅行、サッカーと吹奏楽(トロンボーン、チューバ、ユーフォニアム)が好きです。研究の興味は機械学習を用いて生物ないし様々な領域への応用と時系列解析法の開発です。情報系出身なので、生物にあまり詳しくないですが、気合い入れて、頑張ります。
研究テーマ：ライブイメージングデータ解析
川田 龍輔 （広島大学統合生命科学研究科 2024.3 修士課程修了）
コメント：香川県出身でうどん、ラーメンが好きです！趣味はゲームしたり、バイク乗ったり色々です！わからないことだらけですが、色んなことを勉強して、吸収しならがら研究したいと思ってます！！
研究テーマ：
鎌迫 睦 （広島大学統合生命科学研究科 M2）
コメント：鹿児島出身、趣味はランニングです。ナビゲーションに興味があります。よろしくお願いします。
研究テーマ：コウモリ関連（研究指導：山田恭史准教授＠はこだで未来大学（元広島大学助教））
吉戸 香奈（京都大学生命科学研究科, 学振DC1, 2024.3 修了, 博士（生命科学））
コメント：学部生の時は、基生研（＠岡崎）でウズラの精子形成について研究していました。細胞などのミクロなものが、集団としてどのように形やシステムを作り出すのかということに興味があります。好きなものは、実家で飼っている鳥とうさぎ、フルグラ、モスバーガーとホタルノヒカリです。精一杯頑張りますのでよろしくお願いします！
研究テーマ：免疫・幹細胞（Yoshido & Honda, iScience 2023; Nakamuta et al., Communication Biology 2022）
研究場所：広島大学
水谷 晃大（大阪大学理学研究科疋田研からの指導委託 社会人D3）
コメント： ドラえもんや鉄腕アトムのように、ヒトと共存可能な感情豊かなロボットの実現を夢見て、研究に取り組んでいます。休み日は、ランニングをしたり、秘湯を巡ったりしています。新しい価値観や異なる考えに触れるのが好きなので、是非みなさんのお話を聞かせてください！
研究テーマ：強化学習関連
研究場所：リモート
蔭木 歩人（広島大学理学部数学 2024.3 卒業）
コメント：趣味は本を読むことです。
研究テーマ：
福山達也（自然科学研究機構 生命創成探求センター 特任助教; 2023.8 異動 九州大学理学研究院助教）
研究場所：ExCELLS（愛知県岡崎）
横山寛（広島大学統合生命科学研究科 特任助教; 2023.5 異動 滋賀大学助教→2025.4から岡山大学助教）
コメント：脳神経活動におけるネットワークとしての時系列ダイナミクスと、その背後にある機能的役割について興味があります。観測データからそれらのメカニズムを紐解くために、データと数理モデルを橋渡しするデータ駆動型モデリングやデータ同化の手法を活用してネットワークとしての脳の機能的意義の解明研究とその工学的応用の方策を模索します。研究のお供はフレンチプレスコーヒーとロックミュージック。
加藤 宗（広島大学理学部数学科 2023.3 卒業）
コメント：福井県出身です。趣味は漫画を読むことで、ナルトやワンピースが好きです！数学科での学びを活かして頑張ります！
研究テーマ：コウモリ関連（研究指導：山田助教）
中牟田 旭 （京都大学理学部 2022.3 卒業）
コメント：知らないことばかりなので、興味のあることからどんどん勉強していきたいです。生物らしさを理論で説明するのが大きな夢です。
研究テーマ：幹細胞ダイナミクス（Nakamuta et al., Communication Biology 2022）
研究場所：京都大学
波田野 大地（京都大学生命科学研究科 2023.3 修士課程修了）
コメント：学部では、神経やグリアについて研究していました。もう少しシンプルな研究をするのもいいなと思い、理論を選びました。広島は空気がいいので好きです。よろしくお願いします。
研究テーマ：トピックモデル
研究場所：広島大学
平野和枝（広島大学統合生命科学研究科 秘書・事務補佐 2021. 12 - 2022. 12）
コメント：広島生まれ広島育ちです。読書（主に漫画）やゲーム、ショッピングが好きです。最近は狩野英孝さんのバイオハザード攻略動画にはまっています。早く皆さんのお役に立てるよう頑張ります。
斉藤稔（自然科学研究機構 生命創成探求センター 特任准教授; , 2022.4 異動; 広島大学准教授→2025.10から筑波大学准教授）
研究場所：ExCELLS（愛知県岡崎）
石川 怜奈（生命科学研究科 2022.3 修士課程修了）
コメント：趣味はギターの弾き語りです。まだまだ分からないことだらけですが、面白い研究ができるように頑張っていきたいと思います。どうぞ宜しくお願い致します。
研究テーマ：恒常性と報酬系の関係
研究場所：京都大学
森本 恒平（京都大学工学部情報 2022.3 卒業）
コメント：シンプルなパーツで種々の分野に応用の利く機械学習や数学に魅力を感じています。趣味は最近始めた将棋です。よろしくお願いします。
研究テーマ：複数戦略の逆強化学習・ガウス過程に基づく画像処理
研究場所：京都大学
山田 莉彩（京都大学理学部 2022.3 卒業）
コメント：謎解きが好きです。生物学の謎を、数理的システムとして解き明かせたらいいなと思っています。美しい模様を見せると、喜びます。まだまだ不勉強ですが、頑張ります。
研究テーマ：葉序
研究場所：京都大学
Seongchun Yang（生命科学研究科 2021.9 修士課程修了）
コメント：I studied Biology and Psychology as an undergrad, and I was trained initially as a wet lab scientist in biotechnology and developmental neuroscience. I am, however, currently exploring various intersections traditional fields in life science has formed with other disciplines such as computational neuroscience and bioinformatics. I am always excited to learn and implement new concepts, and the Laboratory of Theoretical Biology grants me the opportunity to do so.
研究テーマ：神経活動データ解析・能動的推論
研究場所：京都大学
陳 維清（Chen Weiqing）（生命科学研究科 2021.9 修士課程修了）
コメント：私は中国からの留学生です。学部の専攻はコンピュータサイエンスとテクノロジーです。 生物学と機械学習の異分野横断研究に興味を持っており、新しい分野を探求することを楽しみにしています。旅行や撮影、日本の文化が好きです。よろしくお願いします！
研究テーマ：能動的推論・線虫
研究場所：京都大学
浅倉 祥文（京都大学生命科学研究科 2021.9 博士課程修了 博士（生命科学）, 学振DC2）
コメント：ヒストン、Hox、バイクが好きなヒトです。
研究テーマ：多細胞組織動態モデリング、クロマチン（Asakura et al., Scientific Reports 2021）
十河 拓巳 （京都大学医学部・医学 B3）
コメント：広島出身の学部生です。趣味はアニメ鑑賞と程よい運動です。プログラミングや機械学習には今まで馴染みがなく、分からないことだらけですが少しずつ勉強していきたいと思います！
岩橋 純子（教務補佐員＠京都大学生命科学研究科 2019. 4 - 2021. 3）
コメント：祇園祭の鉾町に生まれました。出身小学校は今マンガミュージアムになっています。研究/教育愛いっぱいの本田研で充実した日々を過ごしています。
古仲 裕貴（京都大学生命科学研究科 2021.3 修士課程修了）
（広島大学統合生命科学研究科 2023.9 博士課程修了 博士（理学））
コメント：趣味は学部時代部活動で取り組んでいたウインドサーフィンと通学中での読書です。AIに関する本を読んだことをきっかけに人らしさや生物らしさが何なのか知りたくなりました。新分野ですが、持ち前の気合いで乗り切ります！
研究テーマ：意思決定における好奇心の解読（Konaka & Honda, Nature Comput Sci 2023）
李 玉哲（Yuzhe Li）（京都大学生命科学研究科 2016.3 博士課程修了, 学振DC2）
研究テーマ：不確実な環境における記憶の獲得と消去（Li et al., PLoS Comp Biol 2015）
