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2020年度
論文・プレスリリースなど
1月27日：浅倉くんの論文（多細胞動態のモデリング）がScientific Reports誌に採択されました。
12月1日：実験医学増刊「機械学習を生命科学に使う！」に大河内くんと本田が「scRNA-seqデータから空間的遺伝子発現パターンを再構成する機械学習」を、本田が「強化学習・逆強化学習に基づく動物行動のモデリングとデータ解析」を寄稿しました。
講演・学会発表
3月17日：分子ロボティクス研究会@オンラインで本田が招待講演を行いました。
2月11日：理論免疫学ワークショップ@オンラインで本田が講演（免疫）を行いました。
2月4日：浅倉くんがRIKEN iThemsセミナー@オンラインで招待講演（多細胞動態, 英語）を行いました。
1月12-14日：広島大学統合生命科学研究科で本田が集中講義を行いました。
12月21日：第三回ExCELLSシンポジウム＠オンラインで斉藤さん（ExCELLS）が発表を行いました。
12月10日：京大ASHBi・平岡研セミナーで本田が招待発表@オンラインを行いました。
12月2-5日：神経回路学会＠オンラインで古仲くんが口頭発表（意思決定）を行い、大会奨励賞を受賞しました。
12月2-4日：分子生物学会＠オンラインで計5名の学生がポスター発表を行いました。
吉戸さん（免疫）・浅倉くん（クロマチン）・古仲くん（意志決定）・大河内くん（scRNA-seq解析）・中牟田くん（幹細胞動態）
11月26日：公立はこだて未来大学・第3回複雑系知能セミナーで本田が招待講演@オンラインを行います。
11月14日：数理生物学セミナー2020@オンラインで本田が招待講演を行いました。
10月25日：生物リズム若手の会@オンラインにて本田が招待講演（体節形成）を行いました。
9月20-22日：数理生物学会＠オンラインで計４名の学生が発表を行いました。また、本田がシンポジウムで招待講演を行い、また別のシンポジウムを企画しました。
吉戸さん（免疫）・浅倉くん（クロマチン）・古仲くん（意志決定）・大河内くん（scRNA-seq解析）
9月16-18日：生物物理学会＠オンラインで計６名の学生が発表を行いました。
浅倉くん（クロマチン）・吉戸さん（免疫）・古仲くん（意志決定）・陳さん（線虫・意志決定）・大河内くん（scRNA-seq解析）・森本くん（逆強化学習）
7月31日：神経科学会シンポジウム「センシングとAIが結ぶ神経科学と生態学」にて本田が招待講演（逆強化学習）を行いました。
企画セミナー
2月13,14日：京都大学で国際シンポジウム「Computational Principles in Active Perception and Reinforcement Learning in the Brain」を主催しまし、本田も講演しました（逆強化学習・自由エネルギー原理）。
その他
12月1日：ムーンショットプロジェクト「臓器連関の包括的理解に基づく認知症関連疾患の克服に向けて」が開始しました。
9月25日：吉戸さんが学振研究員DC1に採択されました。
2019年度
論文・プレスリリースなど
2月28日：総説論文（体節形成のモデル＋実験）がDevelopment, Growth & Differentiation誌に採択されました。奈良先端大の松井貴輝さん＠別所研との共同執筆です。
6月6日：解説記事（神経回路形成）が生物物理6月号から出版されました。
講演・学会発表
3月16日：分子ロボティクス研究会で本田が基調講演（招待）を行います。→新型コロナの影響で中止になりました。
2月13,14日：京都大学で国際シンポジウム「Computational Principles in Active Perception and Reinforcement Learning in the Brain」を主催しました。本田も講演しました（逆強化学習・自由エネルギー原理）。
1月29日：第16回 「生物数学の理論とその応用」にて本田が招待講演（多細胞動態）、吉戸さん（免疫）および大河内くん（遺伝子発現分布推定）が口頭発表を行いました。
1月11日：第４回理論免疫学ワークショップで本田・吉戸が口頭発表（免疫）を行いました。
12月3日： 分子生物学会にて本田（＋近藤さん@ExCELLS）がワークショップ「生命のロジックに迫る機械学習」を主催し、講演（多細胞動態）を行いました。
11月26-27日：九州大学理学研究院で本田が集中講義「機械学習による生物データ解析 〜機械学習の理学応用〜」 を行いました。
11月18-19日：ExCELLSシンポジウムで本田が口頭発表（多細胞動態）、吉戸さんがポスター発表（免疫）を行いました。
11月12-13日：ニューロサイエンス研究センター主催のシンポジウムで本田が招待講演（逆強化学習）を行いました。
11月6-7日：定量生物学の会で本田（scRNA-seq）・浅倉くん（多細胞動態）・吉戸さん（免疫）がポスター発表を行いました。
11月2日：International Conference of Systems Biologyで本田がポスター発表（逆強化学習）を行いました。
9月24日：生物物理学会で浅倉がシンポジウムで口頭発表およびポスター発表（多細胞動態）、本田がポスター発表（体節形成）を行いました。浅倉くんが学生発表賞を受賞しました。
9月17日：生物工学会で本田が招待講演（逆強化学習）を行いました。
9月1日：生理研研究会2019 認知神経科学の先端「脳の理論から身体・世界へ」で本田が口頭発表（逆強化学習）を行いました。
7月17日：新学術領域「脳構築における発生時計と場の連携」の班会議で本田が口頭発表（神経回路形成）、浅倉くんがポスター発表（多細胞動態）を行いました。また、浅倉くんが優秀ポスター賞を受賞しました。
5月14-17日：発生生物学会で本田が口頭発表およびポスター発表（神経回路形成）、浅倉くんがポスター発表（多細胞移動）を行いました。
5月10日：中国・北京大学で開催されたThe A3 Workshop on Mathematical Life Scienceで、本田が招待講演、浅倉くん（多細胞移動）、大河内くん（遺伝子発現分布推定）が口頭発表を行いました。
4月19日：本田が発生・細胞生物・システム生物学コースで口頭発表しました（内容：体節形成）。
企画セミナー
2月13,14日：京都大学で国際シンポジウム「Computational Principles in Active Perception and Reinforcement Learning in the Brain」を主催しまし、本田も講演しました（逆強化学習・自由エネルギー原理）。
12月3日： 分子生物学会にて本田（＋近藤さん@ExCELLS）がワークショップ「生命のロジックに迫る機械学習」を主催しました。部屋のキャパの倍以上の人に来て頂き、途中で学会がライブ中継を行うなど、大盛況でした。
その他
3月2日：生命科学研究科サマースクール生として、小池二元くん（理・生物3年）・山田莉彩さん（理・2年）・中牟田旭くん（理・1年）・酒井葵生さん（理・1年）・百海享洲くん（農・1年）・大須賀舜くん（総合人間・1年）が来ました。
3月1日：生命創成探究センター（ExCELLS）に「理論生物学研究グループ」が立ち上がり、本田が客員准教授に着任しました。
12月26日：浅倉くんが学振研究員DC2に採択されました。
10月1日：中国からの留学生の陳 維清さん（Chen Weiqing）が新M1（秋入学）として研究室に加わりました。
8月30日：吉戸さんが生命科学研究科のプログラムの一環で台湾大学に２週間滞在し研究してきました。最終発表でベストプレゼンテーション賞を受賞しました。
8月19日：生命科学研究科サマースクール生として、澤崎義仁くん（理・物理3年）・森本恒平くん（工・情報1年）・五十嵐康祐（工・物理2年）・池田雄太郎くん（理1年）・十河拓巳（医1年）・十河拓巳（医1年）・加地隆真くん（医1年）が来ました。
7月17日：新学術領域「脳構築における発生時計と場の連携」の班会議で本田が口頭発表（神経回路形成）、浅倉くんがポスター発表（多細胞動態）を行いました。また、浅倉くんが優秀ポスター賞を受賞しました。
7月1日：科研費「挑戦的研究（萌芽）」（本田が分担研究者）が採択されました。
5月5日：NHK EテレのサイエンスZEROで本田の研究（体節形成と体内時計）が紹介されました（5/11に再放送されます）。
4月11日：理学部B3の澤崎義仁くんが研究室で研究を行うことになりました。
4月1日：新M1の吉戸香奈さん・古仲裕貴くんが研究室に加わりました。
4月1日：新学術領域「脳構築における発生時計と場の連携」の公募研究に採択されました。
4月1日：平成31年度のExCELLS（生命創成探究センター）課題研究に採択されました。引き続き、西田教授（生理学研究所）と青木教授（基礎生物学研究所）との共同研究を進めていきます。
2018年度
論文・プレスリリースなど
2月6日：論文（体節形成）に関するプレスリリースを京都大学と奈良先端科学技術大学院大学で共同配信しました。いくつかのネット記事で紹介されています（マイナビニュース・大学ジャーナルオンライン・MONOist）。
10月4日：論文（体節形成のモデル＋実験）がPLoS Computational Biology誌に採択されました。奈良先端大の松井貴輝さん＠別所研との共同研究です。
5月18日：論文（逆強化学習による行動戦略の同定）に関するプレスリリースを配信しました。いくつかのネット記事で紹介されています（京都新聞・マイナビニュース・bp-Affairs・大学ジャーナルオンライン）。
4月4日：山口くんとの研究（逆強化学習による行動戦略の同定）がPLoS Computational Biology誌に採択されました。名古屋大学の森研究室との共同研究です。
講演・学会発表
3月25-27日：理研BDRシンポジウムで本田が口頭発表およびポスター発表（体節形成）、浅倉くんがポスター発表（多細胞移動）を行いました。
3月18日：浅倉くんが京大で開催されたKyoto Winter School 2019 "Quantifying Dynamics of Life"でポスター発表（多細胞移動）を行いました。
3月7日：本田が東京大学で開催されるワークショップ「Reinforcement Learning & Biological Intelligence」で招待講演（逆強化学習）を行いました。
2月26-28日：本田が京都大学とイギリスのブリストル大学との連携プログラムでLuca Giuggioli博士（ブリストル大学Senior Lecturer）を訪問し、共同研究の打ち合わせおよびセミナー発表（多細胞移動）を行いました。
2月19日：本田が理研（川上英良ユニットリーダー）に招待して頂き、セミナー発表（逆強化学習）を行いました。
1月14日：本田が定量生物学の会で招待講演（内容：逆強化学習）およびポスター発表（内容：体節形成）を行いました。
1月11日：本田が発生・細胞生物・システム生物学コースで発表しました（内容：逆強化学習）。
12月13日：本田が次世代脳プロジェクト冬のシンポジウムでポスター発表（内容：逆強化学習）を行いました。
12月12日：本田が東京大学黒田研究室に招待して頂き、セミナー発表（内容：逆強化学習）を行いました。
12月4日：本田が基礎生物学研究所セミナーで招待講演（内容：細胞移動・多細胞移動・逆強化学習・体節形成）を行いました。
11月29-30日：本田が分子生物学会ワークショップで口頭発表およびポスター発表（内容：逆強化学習）を行いました。
11月24日：本田がJSDB秋季シンポジウム2018で口頭およびポスター発表（内容：体節形成）を行いました。
10月28日：本田がInternational Conference of Systems Biology（@France, Lyon）で口頭発表（Noise-Resistant Developmental Reproducibility in Vertebrate Somite Formation）を行いました。
10月15日：本田が第1回ExCELLSシンポジウムで口頭発表（5分）およびポスター発表（多細胞移動に関する研究）を行いました。
10月4日：本田が研究会「理論と実験」2018で口頭発表（内容：逆強化学習）を行いました。
9月20日：【アウトリーチ活動】本田が同志社香里中学校の授業『リベルタス』（総合キャリア教育）で招待講演しました。
9月15日：本田が生物物理学会でポスター発表（どのように神経突起は軸索および樹状突起へと個性化するのか？〜微小管動態の観点から〜）を行いました。
9月12日：本田が第15回生物数学の理論とその応用で口頭発表（体節形成におけるノイズに頑健な再現性メカニズム）を行いました。
8月28日：本田がData Shipで招待講演（逆強化学習）を行いました。
8月20日：本田がMortor Contol研究会のシンポジウム「機械学習が切り拓く身体運動研究の新展開」で招待講演（逆強化学習による 「動物の行動戦略」の解読）を行いました。
7月27日：本田が神経科学会で口頭発表（Identification of Animal Behavioral Strategies by Inverse Reinforcement Learning）を行いました。
7月13日：本田が第２０回生命科学研究科シンポジウムで講演（機械学習で 動物の行動戦略を解読する）を行いました。
6月30日：本田が第17回国立台湾大・京都大学・筑波大学合同シンポジウムで招待講演（Noise-resistant developmental reproducibility in vertebrate somite formation）を行いました。
6月6日：本田が発生生物学会・細胞生物学会合同大会で口頭発表およびポスター発表（Noise-resistant developmental reproducibility in vertebrate somite formation）を行いました。
企画セミナー
3月18日：Dr. Antonio Celani（Research associate, International Centre for Theoretical Physics）の訪問をホストし、セミナーを開催しました。
3月14日：松田孟留先生（東京大学 特任助教）を招待し、MACSセミナーを開催しました。
2月22日：渡邉 正峰先生（東京大学 准教授）を招待し、サロン・ド・脳を開催しました。
2月21日：片平健太郎先生（名古屋大学 准教授）を招待し、MACSセミナーを開催しました。
1月29-30日：伊藤創祐先生（東京大学 講師）を招待し、MACS集中講義（計6時間）を開催しました。
1月18日：井澤淳先生（筑波大学 准教授）を招待し、MACSセミナーで発表して頂きました。
1月11日：森郁恵先生（名古屋大学 教授）を招待し、発生・細胞生物・システム生物学コースで発表して頂きました。またその前座として、本田も発表しました（内容：逆強化学習）。
12月21日：細谷晴夫先生（ATR 主任研究員）を招待し、MACSセミナーで発表して頂きました。
10月9日：瀧山健先生（東京農工大学 准教授）を招待し、MACSセミナーで発表して頂きました。
その他
2月5日：医学部人間健康科学科２回生の太田優希さんが生命科学研究科のSpring Schoolの学生として研究を行うことになりました。
12月15日：生命科学研究科D1の浅倉祥文くんが研究室で研究を行うことになりました。
9月1日：医学部医学科２回生の大河内康之くんが研究室で研究を行うことになりました。
8月23日：平成30年度のExCELLS（生命創成探究センター）課題研究に採択されました。今後、西田教授（生理学研究所）と青木教授（基礎生物学研究所）との共同研究を進めていきます。
4月11日：ホームページのURLを変更しました。
4月1日：生命科学研究科の新しい研究室「システム生物学講座-理論生物学分野」を担当することになりました。
2017年度
論文・プレスリリースなど
2月27日：松井さん（奈良先端科学技術大学院大学別所研究室）との共同研究（体節境界を決定するErk動態のイメージング）がScientific Reports誌に採択されました。
1月15日：投稿論文（ノイズに対して頑健な体節形成のモデル）をbioRxivで公開しました。
11月4日：篠原研究室（京都大学医学研究科）との共同研究がBiology of Reproduction誌（精子幹細胞の左右差）に採択されました。
10月12日：青木さん（基礎生物学研究所）との共同研究（ERK進行波による細胞集団移動）がDevelopmental Cell誌に採択されました。
7月26日：論文（トポグラフィックな軸索投射のモデル）がPLoS Computational Biology誌に採択されました。
7月13日：投稿論文（軸索・樹状突起の特徴獲得のモデル）をbioRxivプレプリントサーバで公開しました。
5月15日：投稿論文（トポグラフィックな軸索投射のモデル）をbioRxivプレプリントサーバで公開しました。
4月28日：名古屋大学の貝淵研究室との共同研究（神経極性形成のメカニズム）がNature Communications誌に採択されました。
4月24日：篠原研究室との共同研究の解説記事が実験医学5月号に掲載されました。
4月20日：山口くんの研究（逆強化学習による行動戦略の同定）をbioRxivプレプリントサーバで公開しました。名古屋大学の森研究室との共同研究です。
講演・学会発表
2月19日：【アウトリーチ活動】本田が同志社香里中学校の授業『リベルタス』（総合キャリア教育）にて講演しました。
1月12日：本田が名古屋大学理学研究科にて招待セミナー発表（動物の行動時系列データから行動戦略を 逆問題的に解き明かす）を行いました。
企画セミナー
1月19日：奈良先端大の松井貴輝先生（准教授）を招待し、セミナー発表をして頂きました。
その他
3月29日：3階301号室に引っ越ししました。
5月1日：1階112号室に引っ越ししました。これまでと同じF棟です。
4月1日：生命科学研究科に異動しました。
2016年度
論文・プレスリリースなど
10月13日：論文（軸索末端が誘引と忌避を切り替えるメカニズム）がScientific Reports誌に採択されました。New York大学のKyonsoo Hong研究室との共同研究です。
9月24日：山尾さんとの研究（FRETイメージングの定量的なmeasureの理論的提案）がPLoS ONE誌に採択されました。松田研・青木研との共同研究です。
8月11日：李さんの研究（部分強化効果を説明する扁桃体回路モデル）がPLoS Computational Biology誌に採択されました。
7月12日：篠原研究室（京都大学医学研究科）との共同研究（精子幹細胞のダイナミクスの同定）がDevelopmental Cell誌に採択されました。
講演・学会発表
3月18日：本田が理研QBiCで開催されたシンポジウム「生命動態の分子メカニズムと数理 」にて研究発表（神経軸索における誘引・忌避の切り替えとトポグラフィックな神経回路の配線 ）を行いました。
11月12日：本田が立命館大で開催されたシンポジウム「The 6th Ritsumeikan-Monash Symposium on Probability and Related Fields」にて招待講演（Mathematical modeling in stem cell dynamics）を行いました。
7月13日：本田が生命機能数理モデル検討会（大阪大学）にて招待講演（神経成長円錐の走化性によるトポグラフィックな軸索投射の数理モデル）を行いました。
7月1日：本田がThe 11th AIMS Conference（フロリダUSA）のシンポジウム「Mathematical Models of Cell Motility and Cancer Progression in Microenvironment: Design, Experiments, Mathematical Framework, and Hypothesis Test」にて研究発表（Decoding of intracellular signal transfer from FRET imaging: distinct functions of Rac1 and Cdc42 in cell migration）を行いました。
セミナー企画
12月9日：Arvind Kumar博士（KTH, スウェーデン）が訪問し、セミナーをして頂きました。
6月16日：本田が青木特定准教授と共に、細胞生物学会シンポジウム「Dynamic Approaches to Living System in Cell Biology」を企画、開催しました。
その他
3月23日：李玉哲さんが博士号（生命科学）を取得しました。
2015年度
論文・プレスリリースなど
12月31日：塚田さん（名古屋大学森研究室）との共同研究（線虫温度感受性神経細胞のシステム同定）がJournal of Neuroscienceに採択されました。
10月30日：山尾さんとの研究（細胞移動を制御するシグナル伝達系のシステム同定）がScientific Reports誌に採択されました。松田研・青木研との共同研究です。
講演・学会発表
3月28日：本田が日本解剖学会総会シンポジウム「神経・血管の発生と新生 -多角的アプローチで目指す未踏峰-」にて招待講演（神経軸索の走化性と神経回路形成の数理的アプローチ）を行いました。
8月28日：本田が日本数理生物学会シンポジウム「Cellular and tissue dynamics in developmental biology 」にて研究発表（Mathematical model for development of neural circuit based on chemotaxis of growth cone ）を行いました。
2014年度
論文・プレスリリースなど
10月15日：生体の科学（増大特集生命動態システム科学）から解説記事がでました。
講演・学会発表
12月3日：本田が数学協働プログラムワークショップ「生命ダイナミクスの数理とその応用：異分野とのさらなる融合」にて招待講演（神経軸索誘導における誘引的および忌避的走化性の数理モデル）を行いました。
セミナー企画
3月6-8日：システム神経生物学スプリングスクール（SNSS2015）を開催しました。
その他
7月7日：耐震補強工事が終わりF棟に戻ってきました。3階301号室です。
2013年
3月7-9日：システム神経生物学スプリングスクール（SNSS2014）を開催しました。
1月3日：本田が数学協働プログラムワークショップ「生命ダイナミックスの数理とその応用 」にて招待講演（細胞内シグナルが制御する細胞移動のシステム同定 ）を行いました。
10月1日：F棟の耐震補強工事のため、A棟4階414号室に引っ越ししました。
5月1日：研究室（生命動態数理研究室）がスタートしました。