Альтернативою комп'ютерної томографії є ​​магнітно-резонансна томографія головного мозку. Однак у цих схожих методах є істотні відмінності.

КТ відрізняється від МРТ наступними особливостями:

• основою методу не є магнітні хвилі з резонансними коливаннями, а рентгенівське випромінювання;

• при обстеженні, крім дрібних структур головного мозку, видно судини, порожнисті органи, кістки черепа;

• не дозволена до застосування для вагітних та дітей, на відміну від МРТ ;

• присутнє променеве навантаження на організм, сеанс не можна проводити довгий час;

• можна застосовувати метод при установці коронок, кардіостимуляторів.

Рентгенівське випромінювання дозволяє лікарю побачити вени і артерії, отримати зображення потрібної ділянки судини. Комп'ютерна програма після обробки видає на монітор тривимірні чіткі знімки, що є істотним плюсом цього методу. Який вид обстеження призначити пацієнту, вирішує тільки лікар залежно від діагнозу, наявності показань і запалень.