La recolección de muestras comenzó en 2010, con el propósito de tener a disposición material de docencia para los cursos de Volcanología. Desde entonces las muestras han sido obtenidas por colecta durante prácticas docentes extramurales, salidas de campo de proyectos (de investigación, trabajos de grado y tesis) salidas de campo de eventos científicos y viajes independientes a diversos sitios de interés volcanológico. En 2011 comenzó la elaboración de secciones delgadas para muestras seleccionadas, y la codificación de los materiales y su organización para garantizar la preservación de los especímenes.
Muchas muestras son colombianas, pero una porción significativa proviene de otros lugares alrededor del mundo, incluyendo piezas adquiridas por compra o donadas por docentes, investigadores, estudiantes de la Universidad Nacional de Colombia y otras instituciones, e incluso por otros profesionales viajeros de diversas áreas.
En 2021 se inició el proceso de formalización de la colección con la solicitud, ante el Servicio Geológico Colombiano, de registro en el Inventario Nacional Geológico y Paleontológico-INGEP. En 2022, el Servicio Geológico Colombiano, mediante Resolución DGB-014 del 21 de noviembre, declaró la Colección de Rocas Volcánicas de la Universidad Nacional de Colombia-Sede Medellín como “bien de interés geológico y paleontológico de la Nación en virtud de su relevancia científica, educativa y cultural” ordenando su registro en el INGEP bajo el identificador M-143.
En el año 2023, la Facultad de Minas destinó la oficina 233 del Bloque M1 para albergar la colección y se acordó que la Colección de Rocas Volcánicas fuera una colección satélite del Museo de Geociencias de la Facultad de Minas. En 2025 se cambió el registro INGEP a M-131, correspondiente al Museo de Geociencias. A continuación se muestra una línea de tiempo gráfica de la colección.