Pertama kali Center for Medical Physics and Biophysics adalah berbentuk layanan pengabdian masyarakat di Laboratorium Fisika Medis dan Biofisika yang bernaung di bawah Departemen Fisika, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Indonesia, yang dibentuk pertama kali berdasakan SK Dekan FMIPA UI No. 69/H2.F3/HKP.01.03/2013. Per April 2014.

Sejak tanggal 2 September 2019, LFMB UI berubah secara struktur organisasi menjadi di bawah Lembaga Sains Terapan (LST) FMIPA UI untuk menghindari kerancuan nomenklatur Laboratorium yang pada umumnya hierarkinya adalah berkaitan dengan pendidikan dan penelitian. Walaupun demikian dalam implementasi kegiatannya CMPB UI tetap memanfaatkan fasilitas Laboratorium yang berada di Departemen Fisika FMIPA UI.

Saat ini Center for Medical Physics and Biophysics (CMPB UI) mempunyai susunan oragnisasi sebagai berikut:

Divisi Pengujian dan Layanan Jasa

• Divisi Pengujian Sinar-X telah mendapatkan penunjukkan pertama kali untuk melaksanakan Uji Kesesuaian pesawat sinar-X radiologi diagnostik dan intervensional dari Badan Pengawas Tenaga Nuklir (BAPETEN) dengan Keputusan Kepala BAPETEN No. 242/K/III/2014. Pada tahun 2017, LFMB kembali mendapatkan perpanjangan untuk melaksanakan Uji Kesesuaian melalui Keputusan Kepala Bapeten No. 554, 555, 556, 557, dan 558 /III/2017.
• Kegiatan konsultasi untuk desain shielding fasilitas Radioterapi, Kedokteran Nuklir, serta Radiologi Diagnostik dan Intervensional
• Kegiatan pendampingan dosimetri, optimisasi, dan kontrol kualitas untuk layanan klinis
• Layanan Dosimetri Thermolumnisence dan Dosimetri Film

Divisi Pendidikan dan Pelatihan

Divisi ini mengelola kegiatan yang berkaitan dengan pendidikan akademik dan pelatihan untuk masyarakat yang terdiri atas:

1. Program Diklat Profesi Fisikawan Medik
2. Program Pelatihan Petugas Proteksi Radiasi (Berdasarkan penujukkan Kepala BAPETEN No. 2249/K/X/2018 untuk melaksanakan pelatihan Petugas Proteksi Radiasi Medik Tingkat I, II dan III)
3. Program Pelatihan Penguji Berkualifikasi Uji Kesesuaian (Berdasarkan penunjukkan Kepala BAPETEN No. 2250/K/X/2018 untuk melaksanakan pelatihan penguji berkualifikasi Uji Kesesuaian Radiologi diagnostik dan Intervensional)
4. Program Residensi Fisikawan Medik Spesialis
5. Program Intership /Magang Internasional

Divisi Jaminan Mutu dan Kesekretariatan

Divisi ini memastikan program layanan Center for Medical Physics and Biophysics berjalan dengan kendali mutu yang baik berdasarkan prosedur yang berlaku di CMPB UI.