A Controladoria Geral do Município (CGM), foi instituída pela Lei Municipal nº 1.522 de 27 de julho de 2009 e atua como órgão central do Sistema de Controle Interno da Prefeitura do Ipojuca, exercendo a competência de orientar e coordenar a gestão dos recursos públicos no âmbito do Poder Executivo Municipal, em seus aspectos contábeis, orçamentários, financeiros e patrimoniais.
Em 2017, foi editada e publicada a Lei Municipal nº 1.861, que dispõe sobre a organização da Estrutura Administrativa do Município do Ipojuca, trazendo novas responsabilidades para a CGM.
No entanto, é através do seu Regimento Interno, instituído pelo Decreto Municipal nº 517/2018, de 05 de setembro de 2018, que as atribuições foram mais bem detalhadas e distribuídas entre as Diretorias existentes na CGM.