El CEBA San Luis tiene su origen en la creación de la escuela primaria San Luis Nº652 en 1962, como anexo de la G.U.E. Isabel La Católica. En sus inicios funciona
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dos centros educativos, el centro educativo 652 de varones en el turno de mañana bajo la gestión del Director fundador profesor Juan Rodríguez Borrego; y el C.E. 653 de mujeres (turno tarde) bajo la dirección este local ha sido base de los núcleos 9 y 12, supervisión s
ectoral Nº 6, USE 15 y DEL.
El Colegio San Luis fue creado por R.M. Nº 2687 del 29 de mayo de 1968, inicialmente tomo la denominación del Centro Base San Luis con la adecuación a la nueva estructura educativa, luego para al modelo I, según directiva 50 –MR – CAME – 78 y RM 302 – 79 – ED del 14 de marzo del 79 en 1983. El Centro Educativo Base San Luis fue denominado como colegio nacional Mixto según RD Nº 5450 de fecha 16 de agosto del 83.
Con oficio Nº 1933 – DUSE – 15 – JADO – 96 de fecha 03 de junio de 1996, el Centro Educativo con una sola estructura orgánica destinada a brindar los servicios educativos de educación primaria de menores y adultos y educación secundaria de menores y adultos habiendo optado la denominación del Colegio estatal ¨San Luis¨.
El terreno tiene una extensión de 5 942, contando con título de propiedad el cual se encuentra registrado en el Margesí de Bienes del Ministerio de Bienes del Ministerio de Educación. Hoy cuenta con una infraestructura moderna y funcional, con mobiliario en Primaria y Secundaria de la EBR y que son utilizados también por la EBA…
Existen ambientes destinados a la biblioteca, auditorio y laboratorio. No se cuenta con sala de profesores.
El Colegio se encuentra ubicado en el distrito de San Luis. Está rodeado de áreas verdes en su entorno se encuentra una relativa cantidad de industria y maquinarias pesadas que contaminan el medio ambiente.
La modalidad de jóvenes y adultos pasa a ser Centro de Educación Básica Alternativa –CEBA ¨SAN LUIS¨ por R.D Nº 4765 de fecha de 28-12-2005.