Os Romanos chamaram à cidade, que se erguia pela colina sobre o Rio Mondego, Emínio. Mais tarde, com o aumento da sua importância passou a ser sede de Diocese, substituindo a cidade romana Conímbriga, donde derivou o seu novo nome. Em 711 os mouros chegaram à Península Ibérica, e Coimbra não foi esquecida. Torna-se, então, um importante entreposto comercial entre o norte cristão e o sul árabe, com uma forte comunidade moçárabe. Em 871 torna-se Condado de Coimbramas apenas em 1064 a cidade é definitivamente reconquistada por Fernando Magno de Leão.
Coimbra renasce e torna-se a cidade mais importante abaixo do rio Douro, capital de um vasto condado governado pelo moçárabe Sesnando. Com o Condado Portucalense, o conde D. Henrique e a rainha D. Teresa fazem dela a sua residência, e viria a ser na segurança das suas muralhas que alguns autores pensam que nasceu o primeiro rei de Portugal, D. Afonso Henriques, que fez dela a capital do condado, substituindo Guimarães (é aliás esta mudança da capital para os campos do Mondego que se virá a revelar vital para viabilizar a independência do novo país, a todos os níveis: económico, político e social). Qualidade que Coimbra conservará até 1255, quando a capital passa a ser Lisboa.
No século XII, Coimbra apresentava já uma estrutura urbana, dividida entre a cidade alta, designada por Alta ou Almedina, onde viviam os aristocratas, os clérigos e, mais tarde, os estudantes, e a Baixa, do comércio, do artesanato e dos bairros ribeirinhos.