Avogadro 1.x の選択機能には、

・メニューバーの「選択メニュー」

・ツールアイコンの「選択ツール(Selection Tool)」(黒い矢印ボタン）

の2系統があります。

多くのデスクトップアプリでは、メニューの機能をツールバーでも表現していて、これらの機能は同じということが多いのですが、Avogadroではそれぞれ別のタスクを行います。

１　選択ツール

まず、使用頻度が高いと思われる、ツールアイコンの「選択ツール(Selection Tool)」の方から説明をします。

ツールアイコンから「選択ツール(Selection Tool)」の黒矢印アイコンを選択すると、左下のサブウィンドウが「Selection Settings」に変わります。

ビューでは、ソースコード付属のtestfilesから、1CRN.pdbを表示しています。

クランビン(Crambin）という、アビシニアンキャベツ( Abyssinian cabbage )の種子に含まれる46アミノ酸、327原子の小さなたんぱく質です。X線回折実験ではよく用いられるそうです。

ちなみに、クランビンのFASTAシーケンスは「TTCCPSIVARSNFNVCRLPGTPEAICATYTGCIIIPGATCPGDYAN」です。

選択ツールの、基本のマウス操作ですが、

・左クリック・・・原子や結合の選択

・コントロールキーを押しながらの左クリック・・・複数の選択

・分子以外を右クリック・・・選択解除

・分子上を左ボタンでダブルクリック・・・分子全体を選択

となります。

また、選択モードには「Atom/Bond」「Residue」「分子」の3種類があります。

1.1 選択モード：Atom/Bond

選択モードが「Atom/Bond」の場合、原子（ボール）や結合（スティック）を左クリックすることで、選択できます。

わかりづらいのでビューを拡大しましたが、ボールの上を１回クリックして、炭素原子を１個選択した状態です。

このように、選択された原子は、水色の水玉のようなものに覆われて表示されます。

また、左マウスボタンをドラッグして四角選択をすることで、四角の領域内の原子や結合を一度に選択することもできます。

選択を解除するには、ビューの中の何もない部分を右クリックするか、またはメニュー「選択(Select)」→「選択解除(Select None)」を選びます。

1.2 選択モード：Residue

選択モードが「Residue」の場合、たんぱく質内の１個の原子を左クリックするだけで、それを含むアミノ酸単位（残基、residue)を選択できます。

DNA/RNAの場合、原子１個のクリックで、それを含むヌクレオチド単位を選択します。

1.3 選択モード：分子

選択モードが「分子(Molecule)」の場合は、原子を1個選択しただけで、分子全体を選択できます。

1.4 Add Center of Atoms、Add Center of Mass ボタン

「Add Center of Atoms」ボタンを押すと、全原子位置の平均の位置に、小さな灰色ボールが出現します。

この例はエタノールの例です。(testfilesにあるethanol.cmlです）

「ビルド」メニュー→「Cartesian Editor...(カルテシアンエディタ)」で見ると、Xxという名前の原子が追加されたように見えます。

「Add Center of Mass」ボタンでも、同じように「重心」の位置に名前「Xx」のボールが出現します。

２　選択メニュー

次に「選択メニュー」の説明をします。

上から順に。

2.1 「すべてを選択」

　分子全体を選択します。

「選択ツール」で分子上をダブルクリックしたり、「選択モード」を「分子」にして任意の原子を選択した場合と同じです。

2.2「選択解除」

　選択を解除します。

2.3 「選択を反転」

　選択中の原子／結合を選択解除し、選択されていない原子／結合を選択します。

2.4「SMARTSによる選択」

　SMARTSパターンで選択します。

　たとえば、[a]で芳香族を選択、[A]で脂肪族を選択、などです。

　下のように[a,A]ならば、「芳香族または脂肪族」なので、これまた「すべてを選択」と同じです。

2.5 「元素による選択」

「周期表」が現れるので、元素を選択すると、その元素のみが選択状態になります。

以下は、1CRN（クランビン）で酸素を選択した状態です。赤色の酸素原子が、水色の選択状態になっています。

2.7 「溶媒による選択」

これはPDBファイル中の水を選択します。「溶媒」とはありますが、できるのはこれだけです。

次の例は、Protein Data Bankからの7ARF.pdbです。

「ネットワークフェッチ機能を使って分子構造を取得する」で登場した「7K3T.pdb」と同じく、またも新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)のメインプロテイネースですが、前回と違って水が除かれていません（またチオグルコースが結合しています）。

「溶媒」を選択すると・・・

うーん、ちょっと微妙ですが、一部に水色に選択されている水分子があるのがわかるでしょうか。（赤色の酸素原子が水色になっている）

2.8 「名前付き選択の追加」

選択した状態を保存できます。

下の例は、エタノール(testfiles/etanol.cml)の酸素を選択した状態を、「O」という名前で保存している例です。

ところで・・・

この「名前付き選択の追加」ですが、「追加」はできても、「呼び出す」ことが、どうもできないようなのです。

そこで次の「おまけ」を準備しました。

３　おまけ（Restore Named Selection機能の追加）

3.1 インストール方法

Windows版のAvogadro 1.2 0nだけに追加できる機能となります。

　（ソースコードも付けましたので、ソースからビルドができる方であれば、Mac、Linuxでも追加できますが・・・）

a　下のダウンロードボタンから、「Avo120n_restore_named_selection.zip」をダウンロードし、zipを展開します。

b インストール済みのAvogadro 1.2.0nの「selectextension.dll」を無効化します。

方法はなんでもいいですが、ここでは拡張子を変更します。ただし、selectextension.dllのファイルの削除は危険ですから、おすすめしません。

install_dir\Avogadro

　 　　 ├─ bin

　　　 ├─ include

　　　 ├─ lib

| └─ Avogadro

| └─ 1_2

| ├─ cmake

| ├─ colors

| ├─ engines

| ├─ extensions

| | ├─animationextension.dll

| | :

| | ├─selectextension.dll → selectextension.dll.org など

| | :

| |

| ├─ tools

| └─ cmake

　　　　 └─ share

c 展開したzipファイルにあるselectextension.dllをその代わりにコピーします。

　　lib\avogadro\1_2\extensionsフォルダが次のようになっていればインストール完了です。

3.2 使い方

インストール後、Avogadroを再起動すると、「選択」メニューの中に「Restore Named Selection...」が追加されています。

例はエタノールです。末端の炭素を選択した状態をC1という名前で保存します。

次に酸素を選択した状態を「O」という名前で選択します。

「Add Named Selection...」メニューを選ぶとダイアログが現れ、「C1」と「O」が保存されていることがわかります。

いずれかを選択して「OK」ボタンを押すことで、選択状態を呼び出すことができます。

3.3 その他

選択状態を保存と言ってきましたが、実際はファイルに保存されるわけではありません。

Avogadroを終了すると「名前付き選択」も破棄されます。

ただし、「閉じる」ボタンなどで分子を閉じても、「名前付き選択」は残っています。