Évezredekkel ezelőtt a kakukkfüvet aromás fűszerként, a test és a lélek gyógyszereként értékelték, varázslatban használták, illatos olajok készítésére templomi füstölőkhöz. A sumérok "az, ami minden sebet begyógyít". A több mint 3500 éves egyiptomi Ebers-papirusz a legfontosabb gyógynövények közé sorolja, a belőle kinyert olajokat holttestek balzsamozására használták.
A görögök a gyógynövényt rituális fürdőkhöz és italokhoz adták, hogy fokozzák a mérgezést. A nők kakukkfű ágakat hordtak a hajukban, hogy hangsúlyozzák szépségüket, a "kakukkfű illata" kifejezés egy divatos és vonzó személyt jellemez.
A bibliai időkben Palesztinában a húst és a sajtot bőségesen fűszerezték kakukkfűvel, hogy megvédjék a romlástól, a szamaritánusok pedig fertőtlenítőszerként használták. Több mint 3000 évbe telt, mire a tudomány felfedezte rendkívül erős antibakteriális tulajdonságait.
Az olívaolajban őrölt kakukkfű és petrezselyem a rómaiak kultikus fűszere volt, illumina la mentének nevezték , vagyis megvilágosította az elmét. Valahányszor az emlékezet kezdett kudarcot vallani, vagy fontos döntéseket kellett meghozni, amelyek világos gondolkodást igényeltek, kénytelen volt megjelenni az asztalon. A római katonák mindig vittek magukkal illatos gallyakat, hogy bátorságot és kitartást adjanak nekik, így terjesztették el a növényt Európa- szerte.