Sobre microscopía es importante que distingáis entre microscopía óptica y electrónica (y en este caso en electrónica de barrido y de transmisión): MO, MEB y MET. Tenéis que comprender que hay un límite físico para hacer ampliaciones ópticas más allá de 0.2 micras, lo que obliga a usar métodos "indirectos" para ver cosas más pequeñas. Digo indirecto porque lo que sale en la pantalla del microscopio electrónico es la reconstrucción digital del "rebote" de electrones sobre una superficie (algo así como el sónar pero con e-) y no una imagen que uno pueda ver mirando directamente a través de una lente.
Sabiendo esto comprenderéis que las imágenes de ME son siempre en grises, no hay color, pero es frecuente que las coloreen lo científicos para hacerlas más comprensibles o atractivas.
También es importante que sepáis que las células en principio son incoloras (exceptuando por ejemplo algunos orgánulos como los cloroplastos, que son verdes, o células como los glóbulos rojos, que debido al hierro oxidado que contiene la hemoglobina de su interior son rojos). Por tanto, los colores típicos que podéis ver en preparaciones de MO es resultado de las tinciones que hacemos los biólogos para poder ver las células y sus estructuras internas (según lo que nos interese se usan distintas tinciones, por ejemplo azul de metileno, verde malaquita, giemsa, orceína, etc), a veces se usan sustancias fluorescentes que se pueden ver en microscopios con luces y lentes especiales (por ejemplo anticuerpos marcados con una molécula fluorescente, de tal manera que si rodean una célula ésta se podrá localizar en el microscopio de fluorescencia al estar rodeada por anticuerpos fluorescentes). Las células además de incoloras suelen ser transparentes, dejan pasar la luz, pero cuando queremos ver tejidos con millones de células juntas la luz no pasa con nitidez (si ponéis una linterna iluminando vuestra mano, a oscuras, veréis cómo la luz la atraviesa, pero esto no es suficiente para trabajar con el MO), e incluso aunque la luz pasara la cantidad de células superpuestas impediría discriminar estructuras, por eso las preparaciones para el MO deben de ser láminas muy finas (monocapas de células a poder ser) para tener nitidez y resolución, y esto se consigue cortando los tejidos con un aparato llamado MICROTOMO (buscad imágenes e información en la web).
Para la ME las preparaciones son diferentes (Podéis ver este vídeo para haceros una idea de cómo se trabaja en microscopía electrónica: https://www.youtube.com/watch?v=7NQzr4Nn5VU), hay que sustituir la parte orgánica de las células (que dejarían pasar los electrones) por moléculas de metal, para ello se hacen "baños" en oro de las estructuras y aunque éstas se pierden en el proceso queda una copia fiel que será barrida o atravesada por los electrones dándonos la imagen que buscamos. Las muestras para el MET ha de ser extremadamente pequeñas, y en este caso se usan ULTRAMICROTOMOS, capaces de sacar del canto de un folio tantos "ultramicrofolios" como para tomar apuntes toda la carrera universitaria....
La microscopia electrónica de barrido (MEB) alcanza hasta 50.000 aumentos, y se usa para estructuras grandes, por ejemplo un ácaro, un huevo de un insecto, viéndose unos detalles impresionantes y con aspecto de "tres D", son imágenes con relieve.
La microscopia electrónica de transmisión (MET) alcanza hasta 250.000 aumentos, y se usa para ver la ultraestructura celular, son imágenes planas, por ejemplo del interior de una mitocondria, de la pared celular, etc.