Seksi Penindakan dan Penyidikan mempunyai tugas melaksanakan intelijen, patroli, dan operas1 pencegahan dan penindakan pelanggaran peraturan perundangundangan di bidang kepabeanan dan cukai, melaksanakan penyidikan tindak pidana di bidang kepabeanan dan cukai, dan melaksanakan pengelolaan dan pemeliharaan sarana operasi, sarana komunikasi, dan senjata api. (PMK No. 188/PMK.01/2016)
PER-06/BC/2021 tentang Tata Cara Pengelolaan Data dan Kerahasiaan Data Penumpang yang Dikirimkan Kepada DJBC atas Kedatangan atau Keberangkatan Sarana Pengangkut Udara ke atau dari Daerah Pabean
KEP-13/KM.4/2021 tentang Penetapan Jenis Satuan Barang Alas Kaki, Elektronik, Serta Sepeda Roda Dua, dan Roda TIga yang Digunakan Dalam Pemberitahuan Impor
KEP-9/KM.4/2021 tentang Penetapan Jenis Satuan Barang Limbah non Berbahaya dan Beracun yang Digunakan Dalam Pemberitahuan Pabean Impor
PER-17/BC/2020 tentang Tata Laksana Pengawasan di Bidang Kepabeanan dan Cukai
PER-04/BC/2021 tentang Petunjuk Pelaksanaan Pengelolaan dan Pengoperasian Pusat Komando dan Pengendalian (Puskodal) Patroli Laut
PER-04/BC/2021 tentang Petunjuk Pelaksanaan Pengelolaan dan Pengoperasian Pusat Komando dan Pengendalian (Puskodal) Patroli Laut
PER-13/BC/2020 tentang Petunjuk Pelaksanaan Angkut Terus atau Angkut Lanjut Barang Impor atau Barang Ekspor
PER-09/BC/2020 tentang Petunjuk Pelaksanaan Pembongkaran dan Penimbunan Barang Impor
PER-14/BC/2020 tentang Petunjuk Pelaksanaan Patroli Laut