กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศใช้มาตรฐานการเรียนรู้และตัวชี้วัด กลุ่มสาระการเรียนรู้คณิตศาสตร์ วิทยาศาสตร์ และสาระภูมิศาสตร์ในกลุ่มสาระการเรียนรู้สังคมศึกษา ศาสนา และวัฒนธรรม (ฉบับปรังปรุง พ.ศ. 2560) ตามหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2551 ตามคำส่งกระทรวงศึกษาธิการที่ สพฐ. 1239/2560 ลงวันที่ 1 สิงหาคม 2560 และคำสั่งสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน  ที่ 30/2561 ลงวันที่ 5 มกราคม 2561 ให้เปลี่ยนแปลงมาตรฐานการเรียนรู้และตัวชี้วัด กลุ่มสาระการเรียนรู้คณิตศาสตร์และวิทยาศาสตร์ (ฉบับปรับปรุง พ.ศ. 2560) โดยมีคำสั่งให้โรงเรียนดำเนินการใช้หลักสูตรในปีการศึกษา 2561 โดยใช้ในชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 และ 4 ตั้งแต่ปีการศึกษา 2561 เป็นต้นไป 

          โรงเรียนบางปะกง "บวรวิทยายน" จึงมีการปรับปรุงหลักสูตรครั้งสำคัญ มีการปรับโครงสร้างเวลาเรียน และโครงสร้างรายวิชา โดยในระดับมัธยมศึกษาตอนต้นมีห้องเรียน 3 ลักษณะ คือ ห้องเรียน EIS ห้องเรียนวิทยาศาสตร์ และห้องเรียนทั่วไป ระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลายมีแผนการเรียน 3 แผนการเรียน ได้แก่ แผนการเรียนวิทยาศาสตร์ - คณิตศาสตร์ แผนการเรียนคณิตศาสตร์ - ภาษา และแผนการเรียนทั่วไป - ทวิศึกษา 

          หลังจากการใช้หลักสูตรครบ 3 ปี งานพัฒนาหลักสูตรสถานศึกษาจัดการวิพากษ์หลักสูตรขึ้น เพื่อวิเคราะห์จุดเด่น จุดด้วย จุดควรพัฒนา และหาแนวทางการปรับปรุงหลักสูตรให้ทันสมัย ทันต่อการเปลี่ยนแปลงของสังคม หลังการวิพากษ์หลักสูตร มีการปรับปรุง และเปลี่ยนแปลงรายวิชาเพิ่มเติม โดยเฉพาะในรายวิชาด้านเทคโนโลยี รวมทั้งปรับเพิ่มรายวิชาเพิ่มเติมในแผนการเรียนทั่วไป - ธุรกิจให้มีความสมบูรณ์ยิ่งขึ้น นอกจากนั้นยังยกเลิกแผนการเรียนทั่วไป - ทวิศึกษา ทั้งสองสาขา ตามนโยบายของหน่วยงานต้นสังกัดและสำนักงานคณะกรรมการการอาชีวศึกษา

          เปิดแผนการเรียนทั่วไป - ทวิศึกษา ใน 2 สาขา คือ ช่างกลโรงงานและช่างอิเล็กทรอนิกส์ และปรับรายวิชาเทคโนโลยีเกษตรสมัยใหม่ โดยการเพิ่มหน่วยกิต และเปิดสอนในภาคเรียนที่ 2 ของระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 4 

          โรงเรียนบางปะกง “บวรวิทยายน” จัดวิพากษ์หลักสูตรฉบับเก่า และจัดประชุมคณะกรรมการบริหารหลักสูตรและวิชาการ เพื่อพัฒนาหลักสูตรสถานศึกษาให้มีความทันสมัย ตอบสนองต่อความต้องการของผู้เรียน ผู้ปกครอง และชุมชนได้ดียิ่งขึ้น รวมถึงประกาศใช้หลักสูตรโรงเรียนบางปะกง “บวรวิทยายน” พุทธศักราช 2568
            ระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น เปิดห้องเรียน 3 ลักษณะ ได้แก่
              - ห้องเรียน EIS
              - ห้องเรียนวิทยาศาสตร์พลังสิบ
              - ห้องเรียนทั่วไป
            ระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น เปิดแผนการเรียน 7 แผนการเรียน ได้แก่
              - แผนการเรียนวิทยาศาสตร์สุขภาพ
              - แผนการเรียนวิทยาศาสตร์วิศวกรรม
              - แผนการเรียนวิทยาศาสตร์เทคโนโลยี
              - แผนการเรียนนิติ - รัฐศาสตร์  
              - แผนการเรียนศิปกรรม
              - แผนการเรียนอุตสาหกรรมศิลป์
              - แผนการเรียนทั่วไป - ทวิศึกษา (สาขาช่างกลโรงงานและสาขาช่างอิเล็กทรอนิกส์)