แต่เดิมมาอำเภอบ้านแหลมไม่มีสถานบริการทางสาธารณสุขที่จะให้บริการแก่ประชาชน เมื่อเกิดการเจ็บป่วยประชาชนส่วนใหญ่ ต้องอาศัยยากลางบ้านหรือยาแผนโบราณ สำหรับผู้มีฐานะดีก็ไปตรวจรักษาที่อื่นเท่าที่สามารถไปรับการรักษาได้

พ.ศ. 2548 กระทรวงสาธารณสุขอนุมัติเงินมาให้ก่อสร้างสุขศาลาขึ้นที่หมู่ 2 ตำบลบ้านแหลม (สำนักงานสาธารณสุขอำเภอในปัจจุบัน) บนที่ดินราชพัสดุเปิดบริการแก่ประชาชนด้านสาธารณสุข โดยไม่มีแพทย์ประจำ มีแต่บุคลากรสาธารณสุขเป็นผู้บริการ มีประชาชนรับบริการจำนวนมาก ต่อมาภายหลังเปลี่ยนจากสุขศาลามาเป็นสถานีอนามัยชั้น 2

พ.ศ. 2509 กระทรวงสาธารณสุขอนุมัติเงินงบประมาณจำนวน 500,000 บาท เพื่อสร้างสถานีอนามัยชั้น 1 ประจำอำเภอบ้านแหลมแทน สถานีอนามัยชั้น 2 เดิมขึ้นที่หมู่ที่ 3 ตำบลบ้านแหลม (ติดโรงเรียนวัดในกลางปัจจุบัน)โดยก่อสร้างบนที่ดินสาธารณประโยชน์ประจำหมู่บ้าน มีเนื้อที่ประมาณ 7.5 ไร่ สาเหตุที่ย้ายมาสร้างใหม่เพราะสถานที่เดิมมีเนื้อที่จำกัด ไม่สามารถขยายได้ ส่วนสถานีอนามัยชั้น 2 หลังเดิมรื้อไปสร้างที่ตำบลท่าแร้ง สถานีอนามัยชั้น 1 ที่สร้างขึ้นใหม่นี้มีแพทย์อยู่ประจำ

พ.ศ. 2514 เปลี่ยนชื่อจากสถานีอนามัยชั้น 1 เป็นศูนย์การแพทย์และอนามัยชนบท

พ.ศ. 2518 เปลี่ยนชื่อใหม่เป็น “โรงพยาบาลอำเภอบ้านแหลม”

พ.ศ. 2519 กระทรวงสาธารณสุขอนุมัติเงินงบประมาณจำนวน 1,040,000 บาท เพื่อสร้างโรงพยาบาลขนาด 10 เตียง โดยทำการก่อสร้าง ตรงที่ใหม่แต่อยู่บริเวณพื้นที่เดิม

พ.ศ. 2521 วันที่ 18 มกราคม โรงพยาบาลหลังใหม่เปิดให้บริการประชาชนทั่วไป รวมถึงตำบลใกล้เคียง

พ.ศ. 2527 มีแพทย์ประจำอีก 1 คนรวมเป็น 2 คนเพื่อรองรับการขยายเป็นโรงพยาบาลขนาด 30 เตียง ทางโรงพยาบาลจึงได้ขอที่ดินของวัดในกลางซึ่งอยู่ติดกันจำนวน 7.5 ไร่ รวมกับที่ดินเดิม เป็น 15 ไร่

ปัจจุบัน โรงพยาบาลเป็นโรงพยาบาลขนาด 30 เตียง มีแพทย์ประจำ 5 คน เปิดบริการประชาชนทั่วไปทั้งในพื้นที่และพื้นที่ใกล้เคียงโดยให้บริการ ด้านรักษา ส่งเสริมและป้องกันทำให้ประชาชนได้รับความสะดวกสบายมากขึ้น ตั้งแต่วันที่ 1 สิงหาคม 2538