ในอดีตที่ผ่านมาเมื่อยังไม่ได้มีการเปลี่ยนฐานะเป็นมหาวิทยาลัย สถาบันราชภัฎอุบลราชธานี ได้รับการตรวจสอบภายในจากหน่วยตรวจสอบภายในของสำนักงานสภาสถาบันราชภัฏ และสถาบันยังได้มีการแต่งตั้งคณาจารย์ให้มาทำหน้าที่ตรวจสอบภายในโดยดำเนินการในรูปของคณะกรรมการตรวจสอบภายในของสถาบันราชภัฏอีกทางหนึ่งด้วย
ต่อมาเมื่อได้รับการยกฐานะมาเป็นมหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 15 มิถุนายน 2547 ก็ได้มีการจัดตั้งหน่วยตรวจสอบภายในขึ้น เพื่อดูแลตรวจสอบภายในด้านต่าง ๆ และต่อมาเมื่อวันที่ 24 พฤศจิกายน 2549 สภามหาวิทยาลัยได้มีมติอนุมัติให้จัดตั้งสำนักงานตรวจสอบภายในขึ้นเป็นหน่วยงานภายในมหาวิทยาลัยราชภัฏอุบลราชธานี โดยขึ้นตรงต่ออธิการบดี ซึ่งกรอบแนวคิดของการจัดให้มีสำนักงานตรวจสอบภายในเพื่อเป็นหน่วยงานที่ทำหน้าที่เกี่ยวกับการตรวจสอบ และประเมินผลกิจกรรมต่าง ๆ ของคณะ หน่วยงาน ศูนย์ สำนักต่าง ๆ และส่งเสริมให้มีระบบการควบคุมภายในอย่างมีประสิทธิภาพ โดยใช้เทคโนโลยีเข้าช่วยแบ่งภาระงาน ดังนี้
1. ตรวจสอบการเงิน การบัญชี การพัสดุ และการบริหารงบประมาณ เพื่อให้เกิดความถูกต้องและโปร่งใส
2. ตรวจสอบและประเมินผลการปฏิบัติงาน ให้มีความสอดคล้องกับนโยบายแผนงานและวัตถุประสงค์ของมหาวิทยาลัย
3. ประสานกับหน่วยงานตรวจสอบภายนอก
4. ดำเนินการประกันคุณภาพในหน่วยงาน
5. ดำเนินงานตอบสนองคำรับรองการปฏิบัติราชการ และประเมินผล
6. มีหน้าที่ปฏิบัติงานอื่นที่เกี่ยวข้อกับการตรวจสอบภายใน ตามที่ได้รับมอบหมายจากหัวหน้าส่วนราชการ นอกเหนือจากแผนการตรวจสอบประจำปี
7. จัดทำรายงานผลการตรวจสอบและประเมินผลการวางระบบควบคุมภายใน