จาก วิทยาลัยเทคโนโลยีธนบุรี สู่ มหาวิทยาลัยธนบุรี นับตั้งแต่ ปี 2541 เป็นต้นมา คณะผู้บริหาร ได้พัฒนา อาคารสถานที่ สวนสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช พร้อมทั้งขยายพื้นที่เพิ่มเติม เป็น 101 ไร่ เพื่อรองรับการเป็นศูนย์กีฬาแห่งความเป็นเลิศ ทั้งนี้ วิทยาลัยเทคโนโลยีธนบุรี ได้รับการเปลี่ยนประเภท และ ชื่อ เป็น "มหาวิทยาลัยธนบุรี" เมื่อ วันที่ 16 มกราคม 2550 และ ได้กำหนดให้ ทุกวันที่ 16 มกราคมของทุกปี เป็นวันสถาปนามหาวิทยาลัยธนบุรี
ปรัชญา คือ “สร้างทุนทางปัญญา พัฒนาคุณธรรม สร้างสรรค์สังคม”
วิสัยทัศน์ คือ “มหาวิทยาลัยธนบุรีเป็นมหาวิทยาลัยเพื่อปวงชน (University for All) ผลิตบัณฑิตที่มีคุณธรรมและจรรยาบรรณวิชาชีพตามมาตรฐานสากล
เพื่อตอบสนองความต้องการของประเทศที่มีการเปลี่ยนแปลงไปตามเทคโนโลยี”
พันธกิจ มหาวิทยาลัยธนบุรีได้กำหนดพันธกิจในการดำเนินงานไว้ดังนี้
ผลิตบัณฑิตที่มีคุณธรรม จริยธรรม มีคุณภาพและสมรรถนะที่เป็นความต้องการของประเทศ
ส่งเสริมการวิจัย สร้างนวัตกรรม สิ่งประดิษฐ์ ที่มีคุณค่าต่อสังคม และรองรับภาคอุตสาหกรรมในเขตพื้นที่
บริการวิชาการ วิชาชีพ ที่เพิ่มศักยภาพแก่ชุมชน สังคม เพื่อคุณภาพชีวิตที่ดี สร้างสรรค์ และเป็นที่พึ่งของสังคม
ทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรมแห่งความเป็นไทย และร่วมดูแลสิ่งแวดล้อม
บริหารจัดการด้วยธรรมาภิบาล การเพิ่มประสิทธิภาพ การบริหารทรัพยากรมนุษย์เข้าสู่สังคมแห่งการเปลี่ยนแปลงในยุคดิจิทัลและสนองตอบการศึกษาตลอดชีวิต
วัตถุประสงค์มหาวิทยาลัย มหาวิทยาลัยธนบุรีได้กำหนดวัตถุประสงค์ในการดำเนินงาน ดังนี้
ผลิตบัณฑิตและพัฒนาทรัพยากรมนุษย์สนองต่อสังคม และประเทศ
ส่งเสริมการศึกษาวิจัยและการพัฒนาที่ยั่งยืน
บริการวิชาการแก่สังคม
ทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรมและสิ่งแวดล้อม