No que diz respeito ao surgimento da cidade, a lenda corrente diz que o escravo João Antão, era muito maltratado por seus patrões e se apaixonou pela filha do patrão, para não sofrer ou se engraçar com a moça e ser morto pelos patrões, fugiu da fazenda Campo Alegre, da família Junqueira, se refugiou em uma gruta.

Lá passou algum tempo, se alimentando de frutas, da caça e da pesca, fartos naquela segunda metade do séc. XVIII.

Até que uma experiência incrível acometeu o escravo que ao acordar, notou uma luz muito forte na gruta e um velho muito apessoado e de vestes brancas apareceu diante dele, João Antão que, após ouvir sua história, recebeu uma carta.

O senhor que ao escravo parecia até um jesuíta, pediu ao escravo que levasse o papel até o patrão e assim seria perdoado e ganharia a liberdade. A ordem do velho foi acatada. Ao ler a carta, Junqueira ficou impressionado com a boa caligrafia, redação e qualidade do papel, fatores inusitados naquele tempo. Além de perdoar João Antão, o fazendeiro organizou uma visita à gruta, na esperança de encontrar tal velho. Chegando lá a única coisa que encontrou foi uma imagem em madeira que acreditaram ser do apóstolo São Thomé.

O Capitão Junqueira imediatamente levou a imagem para sua casa, vendo se tratar de um milagre. Porém a imagem sumiu e reapareceu na gruta e assim, inúmeras vezes até que a esposa do mesmo, lhe pedisse que construísse uma capela ao lado da gruta e lá depositasse esta para que pudessem freqüentar as orações devotas ao santo.

Durante a obra de construção da igreja, foram encontradas algumas pinturas que segundo a crença da época, foi a prova cabal da visita do santo ao local. Mais tarde vieram outra versões que envolvem os índios Cataguases, primeiros habitantes da região e também passagens ufológicas. Outros ainda, os geógrafos insistem na tese de que são infiltrações nas pedras que produziram as marcas.

Hoje, a construção que o capitão ergueu é a Igreja Matriz (1785), com a pintura do teto hoje atribuída a José da Natividade, discípulo de Aleijadinho.

Uma das lendas mais conhecidas na cidade de São Thomé das Letras é a que dá conta da existência de um velho curandeiro com poderes mágicos. Chico apareceu na cidade e conta a história que morava em uma gruta da cidade.

Ficou muito conhecido pelas curas milagrosas que fazia, os antigos moradores que tiveram a oportunidade de conhecer essa estranha criatura juram que o viram conversando com animais. Assim como São Francisco de Assis, Chico gostava e respeitava todos os animais, incapaz de maltratar uma só formiga, era comum vê-lo chamar os pássaros com palmas e ser atendido pelas aves que pousavam em seus ombros.

Os hábitos e condutas de Chico revelavam ser um homem simples com maneiras rudimentares de se comportar. Estas observações feitas acerca do folclórico personagem, inclusive dão conta de que era seu costume passar mel nos cabelos e pendurar argolas de ferros nas pontas.

O mais famoso relato a respeito do homem que vagava fazendo curas milagrosas e salvando animais é a de que certa vez, uma mulher doente sentia as dores do parto e por morar num lugar afastado, sem saber o que fazer pediu ao marido que lhe trouxesse Chico Taquara e que este a ajudaria. Ao encontrá-lo, contou-lhe sobre a esposa, sendo acalmado por Chico que pediu que o marido retornasse e ele logo sairia. Chegando em casa, o marido encontrou a esposa sorrindo junto a porta com o recém-nascido nos braços, esta lhe perguntou: -Você encontrou o Chico pelo caminho? Ele se foi há quase uma hora. Este nada entendeu, pois tinha gastado mais de uma hora cavalgando para ir e voltar da casa do curandeiro.

Quando caminhava pelas pacatas ruas do então vilarejo, levava algumas reses com quem ia murmurando coisas incompreensíveis, ao chegar em algum estabelecimento abaixava e riscava um círculo no chão, onde durante todo o tempo em que permanecesse ali, nem se mexiam seus animais.

Estudiosos afirmam que Chico Taquara era um dos enviados de uma civilização intra-terrestre, cuja passagem, um dos portais dimensionais está localizado em um local de São Thomé das Letras. Ao cumprir sua missão com os seres humanos aqui na Terra, ele teria retornado ao plano inicial.

Se é verdadeira ou não, a história de Chico Taquara, ninguém pode afirmar com certeza, porém até hoje nunca se encontraram pistas de que tenha vivido ou mesmo morrido, ficando o mistério em torno desta figura sempre emblemática.

Diz a lenda, que um grupo de escravos eram muito maltratados e torturados por uma tradicional família de latifundiários da época. Eram desmoralizados e passavam por constantes humilhações públicas para demonstrar o poderio daquela gente que controlava a política da cidade de São Thomé das Letras.

Revoltados, os escravos se amotinaram e prepararam uma tocaia para a família que ia à missa todos os domingos. Enquanto o varão ia conduzindo o carro de boi e a mãe rezava o terço, os escravos o observavam do mato. Em casa restava apenas uma menina de 5 anos, que tinha ficado aos cuidados da mãe-preta, a escrava governanta.

Ao sentirem preparados, os escravos atacaram e mataram friamente seus proprietários e rumaram até a fazenda, onde a escrava escondeu a menina dentro de um colchão de capim, mentindo que a mesma fugira para o mato ao ouvir os gritos dos pais.

Os negros saquearam todo o ouro e pertences da fazenda, prometendo entrega-los à Igreja, porém não o fizeram. Foram perseguidos pelos fazendeiros da região e muitos presos, flagelados e mortos. Um pequeno grupo se escondeu em uma gruta, mas acabaram morrendo se sede e fome. Seus corpos não apodreceram, mas secaram e hoje, acreditasse que aquele que achar os corpos secos, achará todo o ouro também.

Outra história de arrepiar dá conta de que São Thomé das Letras foi um lugar de tristeza e desolação numa época remota, anda dominada pela monarquia. A serra teria sido escolhida para abrigar hansenianos, que naquela época eram isolados em colônias pelo pouco conhecimento da doença e suas formas de transmissão e contágio. Seria este o fator agravante para mais tarde, fundar, no caminho para Três Corações, a Colônia Santa Fé(até hoje em funcionamento). Diz-se que a Toca da Saudade tem este nome por uma verdadeira história de amor, só vista nos filmes. Morava naquelas imediações uma família nativa , cujo o patriarca foi acometido pela mancha, tendo que ser separado de seus familiares. Assim, foi isolado na cidade, se abrigando em uma gruta, enquanto os seus se mudaram para Três Corações. Contam que este senhor passava horas olhando a cidade vizinha e se lembrando da família que o abandonara, assim chorava e gritava de dor, aterrorizando os que ouviam seus clamores. Até hoje, se chocam as pessoas que sabendo da história perguntam sobre a gruta e como resposta obtêm a informação de que toda a gruta teria sido cuidadosamente extraída da serra e montada nos jardins de uma mansão da cidade de São Paulo. Os motivos até hoje são desconhecidos e os próprios fatos aqui relatados fazem parte do imaginário coletivo da cidade, sem nenhuma prova concreta do que realmente possa ter acontecido.

A história original sobre mais este mistério da mística cidade de pedras, nasceu do lugarejo onde esta foi contada, a Serra do Cantagalo que fica numa área próxima ao Distrito de Sobradinho, em São Thomé das Letras.

Os lavradores dizem que por aquelas bandas existe uma cobra muito grande com bico e crista, que canta corno galo. Nunca, ninguém se arriscou a freqüentar aquelas “bandas” sozinho e na parte da noite, pois a serpente perigosa era avistada com freqüência e ao primeiro sinal de gente, erguia-se com as najas e cantava como um galo ao alvorecer, logo em seguida perseguia e atacava suas vítimas.

Dizem que um sertanejo, muito trabalhador e conhecido do povo que dirigia um trator pela estrada deparou com tal animal que atravessava a sua frente. O susto foi tão grande por não saber onde ficava a cabeça do animal, pois as extremidades se encontravam embrenhadas no mato, que o sertanejo abandonou o trator e saiu em disparada em direção à cidade, não voltando nunca mais ao local.

A Gruta do Carimbado traz um dos maiores mistérios da cidade de pedras, pois já desertou o interesse de geógrafos, historiadores, pesquisadores e da mídia brasileira. A TV Manchete enviou uma equipe até a cidade para averiguar a gruta, porém eles não deram conta. Então a Rede Globo de Televisão com toda uma aparelhagem específica, técnicos e pesquisadores adentraram a gruta com a missão de chegar ao seu final, percorreram quase 15 quilômetros e não encontraram saída, o ar rarefeito e a alta temperatura do local, tornou o prosseguimento da expedição inviável. Até hoje, ninguém conseguiu alcançar maiores distâncias ou chegar a alguma conclusão sobre onde pode chegar o caminho subterrâneo.

Para aqueles que levam em consideração os aspectos geofísicos do relevo local, dizem ser impossível que o vão tenha mais do que 20 ou 30 km de extensão, o que já seria um fato isolado, sem precedentes no Brasil, porém não se sabe como poderia ser realizado um estudo mais ousado e eficaz sem danos ao meio-ambiente e sem modificações na estrutura do local.

Uma pessoa de até 1m e 70 cm de altura caminha tranqüilamente pelo caminho inicial somente inclinando um pouco o caminho, o que reforça a teoria de a fenda foi feita por civilizações antigas e não seja obra da natureza. Acreditasse que civilizações místicas antigas como a dos Incas, teriam descoberto através de mapeamento astral, a cidade de São Thomé das Letras e desenvolveram uma passagem subterrânea para lá.

Outros ainda, acreditam que exista uma civilização intra-terrena, pessoas que vivem no centro da terra e estão mais evoluídos intelectualmente. A própria lenda de Chico Taquara traz a tona, a temática dos poderes e mistérios das grutas e das passagens magnéticas, dos portais dimensionais e das inter-relações entre humanos, extra-terrestres e intra-terrestres, dando lições à humanidade.

O aspecto místico e energético que ligam as cidades de Machu Picchu e São Thomé das Letras não é capaz de resumir todas as interações e compilações existentes nestes locais que refletem o mais antigo dos rituais humanos , o culto aos deuses e à natureza. Mas tudo isto é um mistério que certamente, nunca será revelado, cabendo a nós, aceita-lo ou não.