1661年，明鄭建立了台灣第一個漢人政權。

然而，這並非所有原住民的期待。鄭成功的軍隊因為需要大量的後勤補給作為反清復明而推行兵農合一的寓兵於農政策，大量開墾土地，原住民族生活環境因而受到影響，加深了與當地部落的衝突，大肚番王發起的反抗便是其中之一，1670年，鄭成功部將劉國軒率軍攻打大肚王國的重要部落——沙轆社，這場戰役極為慘烈，僅存少數倖存者，歷史上稱此戰役為「沙轆社之役」。

這場戰役反映出明鄭政權與台灣原住民的複雜關係。儘管明鄭是以「反清復明」為目標，但在台灣的統治過程中，也難以避免與原住民的土地糾紛與武力衝突。這段歷史不僅凸顯了台灣在政權更迭時期的動盪，也展現出不同族群之間的衝突與改變。