Fakultas Biologi Unsoed berdiri bersamaan dengan saat berdirinya Unsoed itu sendiri, yaitu sejak tanggal 23 September 1963 berdasarkan SK Presiden RI nomor 195 tahun 1963. Hingga tahun 1997 Fakultas Biologi hanya memiliki satu program studi, yaitu Program Studi S1 Biologi. Selanjutnya, berdasarkan SK Rektor Unsoed nomor 102/J23/PP/1997 pada tahun 1997 dibuka Program Studi D-III Manajemen Sumberdaya Hayati Perairan (MSHP), yang berdasarkan SK Dirjen Dikti nomor 05/DIKTI/Kept./1999 tanggal 9 Januari 1999 disetujui pendiriannya dengan nama Program Studi D-III Pengelolaan Sumberdaya Perikanan (PSDP). Kemudian, untuk menyesuaikan dengan ketentuan pada SK Dirjen Dikti Nomor 163/DIKTI/Kept./2007 tentang Kodifikasi Program Studi pada Perguruan Tinggi, maka pada tahun 2010 diusulkan perubahan Program Studi D-III PSDP menjadi Program Studi D-III Biologi (SK Rektor Unsoed Nomor Kept. 253/UN23/PP.07.00/2014), yang mulai tahun akademik 2012/2013 sudah menerima mahasiswa baru dengan bidang peminatan Pengelolaan Sumberdaya Perikanan dan Kelautan (PSDPK). Pada tahun 2019, Program Studi DIII Biologi diubah menjadi Program Studi DIII Budi Daya Ikan, menyesuaikan Peraturan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi No 15 Tahun 2017 tentang Penamaan Program Studi Pada Perguruan Tinggi (SK Menteri Nomor 906/KPT/I/2019).