La fuente de Herón consiste en un recipiente abierto a la atmósfera (A), dos depósitos cerrados (B y C) y tres tubos que los conectan entre sí.
El recipiente A debe contener una pequeña cantidad de agua para que la fuente empiece a funcionar. Esta caerá a través del tubo destacado en amarillo por efecto de la gravedad.
Conforme el depósito inferior (C) se llena, aumenta la presión del aire que hay en su interior. Este incremento de presión se trasmite a través del tubo destacado en rosa al depósito superior (B). Llegará un momento en el que el incremento de presión en B, con respecto de la presión atmosférica, sea suficiente para que el flujo de agua suba por el tubo destacado en naranja hasta la boca de la fuente.
Visto el flujo en conjunto, el agua almacenada en B está cayendo hasta el depósito de descarga (C), realizando un camino que le obliga a pasar por A. La diferencia de alturas H-h es la responsable de que el flujo tenga una cierta energía potencial que permite mover el fluido. Por este motivo, los depósitos de carga y descarga deben separarse en altura lo máximo posible y se suelen diseñar alineados en vertical.
El flujo se parará cuando el depósito B se vacíe o el depósito inferior (C) se llene. En realidad basta con que el depósito C se llene hasta donde empieza el tubo rosa, lo que desconecta el flujo de aire entre ambos depósitos.
Tampoco se iniciará el flujo de agua, si no hay un mínimo de fluido en el recipiente A, ya que entonces la presión en C y en B coincidirá con la presión atmosférica.