Program Studi S1 Teknik Sipil Universitas Papua didirikan melalui proses persiapan yang panjang dan sistematis, yang dimulai pada awal tahun 2016 ketika sebuah tim kerja khusus dibentuk oleh Dekan Fakultas Teknik. Tim ini ditugaskan dengan tanggung jawab utama untuk menyiapkan seluruh dokumen akademik yang diperlukan, termasuk penyusunan kurikulum yang komprehensif dan borang pendirian jurusan yang memenuhi standar nasional pendidikan tinggi. Proses penyusunan dokumen ini tidak berlangsung singkat, karena dokumen kurikulum dan borang harus melalui beberapa tahap revisi dan penyempurnaan untuk memastikan kesesuaiannya dengan standar yang ditetapkan oleh Kementerian Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi. 

Setelah hampir dua tahun menjalani proses persiapan yang intensif, akhirnya pada tanggal 9 November 2017, pembukaan Program Studi S1 Teknik Sipil secara resmi disetujui melalui penerbitan Surat Keputusan Nomor 625/KPT/I/2017. Berdasarkan SK tersebut, program studi ini mulai beroperasi dan menerima mahasiswa baru pada semester ganjil Tahun Akademik 2018/2019 dengan daya tampung sebanyak 40 orang mahasiswa. Mengingat kondisi program studi yang masih relatif baru, kebijakan penerimaan mahasiswa angkatan pertama dibatasi hanya melalui jalur seleksi sesama dan lokal, yang memungkinkan program studi untuk membangun fondasi yang kuat sebelum membuka akses penerimaan yang lebih luas kepada calon mahasiswa dari berbagai wilayah.