Resaltan palmas como la chambira (Astrocaryum urostachys), Pambil, Ratama, y Ungurahua (Oenocarpus bataua); además, árboles, bromelias, orquídeas, musgos y helechos grandes; en superficies que han sido taladas plenamente a lo largo de el lapso de investigación petrolera crecen ahora árboles de Balsa y Guarumo.

Al lado de estas, crece un bejuco conocido como uña de gato (Uncaria tomentosa), bastante apreciado por sus bondades medicinales.Resaltan palmas como la chambira (Astrocaryum urostachys), Pambil, Ratama, y Ungurahua (Oenocarpus bataua); además, árboles, bromelias, orquídeas, musgos y helechos grandes; en superficies que han sido taladas plenamente a lo largo de el lapso de investigación petrolera crecen ahora árboles de Balsa y Guarumo.

Al lado de estas, crece un bejuco conocido como uña de gato (Uncaria tomentosa), bastante apreciado por sus bondades medicinales.

En esta área resultan muy habituales el caimán negro, y la tortuga acuática llamada localmente charapa; poco usuales son: el caiman blanco, la culebra Boa, la tortuga motelo y ciertos mamíferos como la guatuza negra , el mono lanudo, el mono ahullador, Marmosetas, mono nocturno, mono Capuchino, mono "araña", el Ocelote, Peresozo y el capybara entre otros.

Históricamente hay 317 especis de aves registradas en la reserva, incluidas por lo menos a 2 especies amenazadas de extinción como son el buitre de ciénaga (Anhima cornuta) y el gavilán cangrejero negro (Buteogallus anthracinus), y una endémica de Ecuador que es el cacique ecuatoriano.1​

La zona Oriental Norte del Ecuador está catalogada como el sector de más grande concentración de anfibios de todo el mundo según publicaciones del la revista Scientific American a en 1986 sobre la base de estudios hechos en el parque nacional Cuyabeno.

Hay en la laguna extensa variedad de peces, integrado el pez eléctrico, piraña blanca, piraña roja y algunas especies de bagre.