El territorio actual de la provincia de Sucumbíos estuvo ligado a Popayán durante la colonia y en las primeras décadas republicanas, haciendo parte del territorio del Caquetá, que incluía territorios de las hermanas repúblicas de Colombia y Perú. Después de la desintegración de la Gran Colombia en 1830, Sucumbíos siguió perteneciendo a la Provincia de Popayán, que en 1857 fue anexada al Estado Soberano del Cauca; con la reforma constitucional de 1886 este estado y los demás que componían Colombia pasaron a llamarse departamentos. En 1905 es separada del Departamento del Cauca la Intendencia del Putumayo, que fue el génesis del actual departamento; sin embargo en 1909 fue integrada a la entonces Intendencia del Caquetá. En 1912 es creada la Comisaría Especial del Putumayo que adquiere vida propia como entidad territorial al año siguiente en Colombia. En 1916 después de varios intentos de determinar la frontera común (Protocolo de 1905 y Tratado Andrade-Betancourt de 1908) finalmente se estableció en 1916 un tratado de límites definitivo.

Este convenio, conocido como Tratado Muñoz Vernaza-Suárez, fue firmado en Bogotá entre los Ministros Plenipotenciarios de Ecuador, Alberto Muñoz Vernaza, y de Colombia, Fidel Suárez, el 15 de julio de 1916, el ecuador reconocía la soberanía de Colombia del actual departamento del putumayo que tiene límites con el Río Caquetá, territorio que quería anexarse el Ecuador y por otra parte Colombia renunciaba a su aspiración de que su frontera fuera el Río Aguarico, la cual era el límite del territorio del Caquetá y del Estado Soberano del Cauca durante el siglo XIX e inicios del siglo XX en Colombia hasta el año de 1916. La reivindicación de ser una provincia más del Ecuador tuvo dos fases definidas. La primera desde 1982 hasta 1987; la segunda luego del terremoto de 1987 que culminó el 13 de febrero de 1989 con la creación de la Provincia de Sucumbíos, cuyo nombre se toma de los primeros pobladores de esta zona que habitaron en el siglo XIX e inicios del siglo XX. Anteriormente este territorio pertenecía a Colombia ya que la frontera entre los 2 países era el río aguarico y con el actual tratado de límites Colombia le sede este territorio a la república del Ecuador.

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