Entre las especies que sobresalen están: orquídeas, heliconias y bromelias. Presentan alta diversidad, helechos, morete o canangucho, cordoncillo, labios de negra, chambira, punta lanza, chuncho, pambil, tagua, bálsamo, palmas, ceiba, sani yura, guarango, caña guadua, shimbillo, matapalo, ungurahua, palo de cruz, membrillo o pitón, uña de gato, huito, sangre de drago, cebolla de monte, paja toquilla, costillas de Adán, sanango, ayahuasca, balsa, copal, entre otras. Además de árbol de las hormigas de limón cuyas ramas huecas son habitadas por estos insectos que producen un ácido de sabor cítrico, protegiendo a la planta de posibles depredadores.

Se estima que existe alrededor de 1320 especies: 165 de mamíferos, 493 de aves, 96 de anfibios, 91 de reptiles y 475 de peces. Mamíferos: Vampyrum spectrum (murciélago más grande de América), tigrillos, cabeza de mate, dantas, armadillos, pecarí de collar, saíno, osos hormiguero, zorras de agua, raposas lanudas, entre otros.

Entre los primates más representativos podemos mencionar al leoncillo o mono de bolsillo, el cotoncillo negro o de manos amarillas, chorongos, monos aulladores y barizos.

Mamíferos acuáticos como: delfín rosado, nutria gigante y manatí.

Aves: Existen 493 especies; 17 son consideradas como amenazadas, 31 son raras, 3 muy raras: gaviotín común, perico tui y paloma perdiz violaceae.