Fylogenetische stamboom

Deel 1: kennismaking fylogenetisch stamboom, een algoritme en toepassing op primaten

Eerst krijg je meer uitleg over de fylogenetische boom en hoe je die moet opstellen. Hieruit kan je vaststellen dat daarvoor de hulp van Python handig is. Dit pas je toe op een voorbeeld van de stamboom van de primaten.

• Leerlingenbundel

• Computer met internetverbinding en online of offline Python programma

De Python-code hierbij is:

- FylogenetischeBoom.py

- primaten_aligned.fasta

- primaten_unaligned.fasta

Deel 2: opstellen van een eigen fylogenetische stamboom

Het tweede deel gaat dan ook over een toepassing van Python rond primaten en het opstellen van een eigen fylogenetische stamboom.

• Leerlingenbundel

• Computer met internetverbinding met een offline Python programma (online code generator zoals repl.it werken niet omdat dit te eenvoudig is)

De Python-code hierbij is:

- FylogenetischeBoom.py

- primaten_aligned.fasta

- primaten_unaligned.fasta

- Omzetting.py

- muscle3.8.31_i86win32.exe