อำเภอพุนพินแบ่งเขตการปกครองออกเป็น 16 ตำบล 98 หมู่บ้าน ได้แก่

ท่าข้าม      6 หมู่บ้าน

ท่าสะท้อน 7  หมู่บ้าน

ลีเล็ด  8 หมู่บ้าน

บางมะเดื่อ 7 หมู่บ้าน

บางเดือน 5 หมู่บ้าน

ท่าโรงช้าง 5 หมู่บ้า

กรูด 6 หมู่บ้าน.

พุนพิน 3 หมู่บ้าน

บางงอน 11 หมู่บ้าน

ศรีวิชัย 3 หมู่บ้าน

น้ำรอบ 7 หมู่บ้าน

มะลวน 9 หมู่บ้าน

หัวเตย 7 หมู่บ้าน

หนองไทร 5 หมู่บ้าน

เขาหัวควาย 4 หมู่บ้าน

ตะปาน  5 หมู่บ้าน