Jamur Zydomycota berkembang biak dengan dua cara, yaitu:
a. Secara seksual dengan spora.
Pada perkembangbiakan seksual spora (haploid) dihasilkan oleh sporangium (haploid). Jika spora jatuh di tempat yang sesuai, maka akan tumbuh menjadi hifa baru dan selanjutnya hifa bercabang-cabang membentuk satu jaringan yang terdiri atas rizoid, sporangiofor dengan sporangiumnya dan stolon. Sporangium menghasilkan spora baru.
b. Secara seksual
Dua hifa yang berbeda muatan, yaitu hifa positif dan negatif bertemu, kemudian dindingnya melebur diikuti peleburan plasma (plasmogami) dan inti (kariogami) sehingga terbentuk zigot yang berdinding tebal dan disebut zigosporangium (penghasil zigospora secara meiosis).
Zigospora yang terbentuk ada dua macam, yaitu zigospora positif (+) dan negatif (-), yang akan tumbuh menjadi hifa positif (+) dan hifa negatif (-). Hifa tersebut bentuk dan ukurannya sama. Disebut hifa positif, jika hifa tersebut menerima isi selnya, sedangkan disebut hifa negatif, jika hifa tersebut memberikan isi selnya
Perkembangbiakan pada Ascomycota dilakukan dengan dua cara, yaitu secara seksual dan aseksual.
1. Perkembangbiakan secara seksual
Hifa yang bercabang-cabang ada yang berdiferensiasi membentuk alat reproduksi betina (ukurannya lebih besar) yang dinamakan askogonium. Dari ujung hifa lainnya terbentuk alat reproduksi jantan yang dinamakan. anteridium. Askogonium dan anteridium berinti haploid. Inti anteridium mengalir ke askogonium melalui sitoplasma yang disebut trikogen. Di dalam askogonium kedua inti berpasangan sehingga terbentuk hifa dikariotik (hifa berinti dua) kemudian hifa tersebut melebur (kariogami) dan terbentuklah zigot. Kemudian zigot akan berkembang menjadi askus. Dua inti di dalam askus yang berasal dari ujung hifa itu membelah secara meiosis membentuk 8 buah spora. Jadi, spora terbentuk di dalam askus. Apabila askus terkena angin, maka spora akan tersebar ke mana-mana. Spora tersebut akan tumbuh menjadi hita baru jika jatuh di tempat yang sesuai.
2. Perkembangbiakan secara aseksual
Perkembangbiakan secara aseksual dapat terjadi melalui pembentukan tunas, pembentukan konidiospora, dan fragmentasi. Warne spora dan konidia bermacam-macam. Misalnya warna orange (seperti pada oncom), ada warna hitam, coklat dan juga warna kebiruan.