Sebagai organisme heterotrof, jamur mendapat makanannya dengan cara menyerap zat organik dari tempat hidupnya. Nutrisi yang berupa zat organik kompleks akan diuraikan secara ekstraseluler (di luar sel tubuh) menjadi zat organik yang lebih sederhana dengan menggunakan enzim hidrolitik.
Contohnya, jamur Rhizopus oryzae yang tumbuh pada kedelai menyebabkan kedelai menjadi lunak karena dicerna dengan menggunakan enzim yang dikeluarkan oleh jamur sehingga terbentuk tempe. Zat organik yang diserap jamur digunakan untuk aktivitas hidupnya, sebagian lagi disimpan sebagai cadangan makanan dalam bentuk glikogen. Cara jamur memperoleh nutrisi menjadi dasar pengelompokan jamur menjadi jamur saproba (pengurai), jamur parasit, dan jamur simbiosis mutualisme.
1. Saprofit
Memperoleh makanan dari sisa-sisa organisme yang mati dan bahan tidak hidup (ranting, daun pelapukan dan pembusukan). Jamur ini memiliki enzim-enzim tertentu (enzim hidrolase) yang dapat merombak senyawa-senyawa organik. Biasanya jamur ini hidup dibagian organisme yang telah mati, misalnya pada serasah atau batang kayu yang telah lapuk.
2. Parasit
Jamur parasit adalah jamur yang menyerap makanan dari organisme yang ditumpanginya. Sifat parasit ini masih dapat dibedakan lagi menjadi parasit obligat dan parasit fakultatif. Jamur parasit obligat adalah jamur yang hanya bisa hidup sebagai parasit. Bila ia berada di luar inangnya, maka ia akan mati. Contohnya adalah Pneumonia carinii (parasit pada paru-paru penderita AIDS), Epidermophyton floocosum (penyebab penyakit kaki atlet), dan Ustilago maydis (jamur parasit pada tanaman jagung). Sedangkan jamur parasit fakultatif adalah jamur yang di samping hidup parasit, ia juga bisa hidup sebagai saprofit. Jamur tersebut akan bersifat parasit ketika mendapatkan hospes.
3. SimbiosisÂ
Jamur bekerja sama dengan ganggang membentuk lumut kerak (lichen). Jamur membantu ganggang menyerap air dan mineral, sedangkan ganggang akan menyediakan bahan makanan organik hasil fotosintesis bagi jamur. Contoh lain adalah jamur yang bersimbiosis dengan akar tanaman tinggi membentuk mikoriza. Jamur akan meningkatkan penyerapan air dan mineral dari tanah.