Al finalizar la guerra, la anexión de nuevos territorios y la riqueza salitrera, fueron elementos muy provechosos para el Estado Chileno. Sin embargo, esto también impactó en la vida de las personas y en conflictos diplomáticos que se mantienen hasta el día de hoy.
La primera medida del Tratado de Ancón fue restablecer las relaciones de amistad y paz entre las dos repúblicas en conflicto.
El Perú debía ceder de forma permanente al territorio de Tarapacá y pagar las indemnizaciones correspondientes a los damnificados chilenos durante el conflicto.
Por otro lado, durante diez años Chile tendría el poder de los territorios de Tacna y Arica, pero una vez que hubiese expirado ese período, se ejecutaría un plebiscito con el que se sometería a votación si los territorios quedaban bajo la soberanía chilena o peruana.
Los tres paises que participaron de la guerra no llegaron a acuerdos territoriales hasta 1904 y 1929. Al terminar la guerra, todos los territorios al sur del rio sama estaban ocupados por Chile.
Tarapacá fue cedida por Perú a Chile en el tratado de Ancón en 1883
Tacna y Arica quedaron bajo la administracion Chilena, aunque gracias al tratado de 1929 tras la votación de los pobladores de Tacna dieron la decisión de pertenecer al estado Peruano
La Puna de Atacama fue decida por Bolivia a Chile y Argentina
Tarata fue devuelto a Perú en 1925.
Perú después de la guerra tuvo consecuencias negativas economicamente:
Cedió la provincia que financiaba sus gastos
Perdió decadas la posibilidad de obtener credito internacional
Tuvo que entregar sus ferrocarriles a sus deudores en el contrato Grace
Durante la guerra del pacifico la armada chilena ordeno el saqueo de libros de distintas bibliotecas en el Perú, tales como el saqueo de la Biblioteca nacional o la biblioteca de la UNMSM. Afortunadamente a dia de hoy, se han recuperado almenos un total de 730 libros.